1.不同的地理位置
珠海站:珠海站位于中国广东省珠海市香洲区拱北街道昌盛路5号。
明珠站:明珠站位于中国广东省珠海市明珠北路。
2.不同的路线。
珠海站:珠海站规模为5套8线，线路为广珠城际铁路和珠珠城际铁路。
明珠站:明珠站车站规模为2套2线，线路为广珠城际铁路。
3.车站布局不一样。
珠海站:广珠城际铁路珠海站主体建筑共四层，地下一层和地下二层为出租车停靠站和社会停车位，共计近1500个停车位。地下换乘中心设有6个车商出入口。一楼是售票候车大厅，二楼是公交站台。
珍珠站:珍珠站分为三层，一层架空；二层是站厅层，有公共区域，分为非付费区和付费区。非付费区设置人工和自动售票、检票等公共设施，站厅采用自然通风采光。第三层是站台层，采用双面展台，其中侧面的站台边缘会设置安全门。