1934年，在井冈山附近活动的红六军转战它地，自此井冈山已经彻底成为白区1934年10月，中央红军从闽赣根据地出发开始长征。中共中央决定在中央苏区设立中央分局、中华苏维埃共和国中央政府办事处和中央军区，项英任中央分局书记和中央军区司令员，陈毅任中央政府办事处主任，统一领导闽浙赣苏区的党政军工作。同时留下红24师和10几个独立团及地方部队共1.6万人，还有伤病员3万余人，在苏区坚持斗争，并准备将来配合红军主力，在有利条件下进行反攻。 项英由于受“左”倾错误的影响，没有迅速地组织退却和坚持游击战，而是把留在苏区的部队全部集中起来，准备打大仗。他将许多小游击队编入各独立团，将出院的伤病员补充到红24师，继续同优势敌人打阵地战，使红24师等部队受到严重的损失。“围剿”中央苏区的国民党军队得以不断向苏区腹地推进。11月下旬，中央苏区的全部县城和交通要道都被敌人控制。留在中央苏区坚持斗争的党的高级干部何叔衡、贺昌、阮啸仙、毛泽覃、万永诚、李赐凡、李天柱等相继在战斗中牺牲，瞿秋自、刘伯坚被俘，不久 英勇就义。从12月起，敌人又对中央苏区进行“清剿”，实行白色恐怖。
诚如国民党政府在报告书中所说，在“清剿”区内，“无不焚之居，无不伐之树，无不杀之鸡犬，无遗留之壮丁，闾阎不见炊烟，田野但闻鬼哭”。蒋军肆意屠杀苏区共产党人及老百姓，其手段之残忍，骇人听闻。如挖心、剥皮、肢解、分尸、刀砍、碎割、悬梁、火烧、活埋、挖眼睛、割耳朵、穿铁丝、割舌头、破肚取肠、割乳挖胸、沉潭落井、打地雷公、钉丁字架、灌辣椒水等数十种酷刑。从3岁孩童到80岁老人，均不能幸免，不管男女老弱，均遭屠戮。有的婴儿被蒋军抓住2条小脚，活活撕成两半。有的革命群众被蒋军用烧红的铁盒戴在头上活活烧死。
遵义会议以后，中共中央书记处于1935年2月5日电示项英并中央分局，要求留在中央苏区坚持斗争的红军和地方武装，立即改变组织形式与斗争策略，在中央苏区及其临近苏区，坚持游击战争。中央苏区的留守部队在由正规战向游击战转变后，逐步形成 南方八省15个地区的红军游击队。他们在中国共产党的领导下，依靠当地的人民群众，经过三年艰苦卓绝的斗争，挫败敌人的反复“清剿”，牵制大量的国民党军队，在战略上配合了红军主力长征，为中国革命作出了重大的贡献。全国抗日战争爆发后，南方八省的红军和游击队，开始由国内革命战争向抗日民族战争的转变，广泛开展抗日民族统一战线工作。他们与各地的国民党当局进行了复杂的谈判斗争，迫使国民党军陆续停止对南方游击区的围剿，胜利结束了三年游击战争。后来，南方各地区的红军和游击队，改编为国民革命军新编第四军，成为长江南北抗击日军侵略的主力。毛泽东高度评价南方各地的游击战争，认为“这是我们和国民党十年血战的结果的一部分，是抗日民族革命战争在南方各省的战略支点”。
“民不畏死，奈何以死惧之？”国民党的大屠杀不但未能吓退群众，反而更加激化了人民和国民党当局的矛盾。毛泽东在《星星之火，可以燎原》等文中分析道，国民党统治集团企图以血腥的屠杀政策对付昨天的同盟者——共产党和革命群众，来彻底扑灭革命的火焰，但这是办不到的，结果只能是适得其反。这种做法，必然使得一切改良主义的幻想归于破灭，使得改良主义再也不能号召群众了。留给群众的，也就只有重新奋起革命这一条路。屠杀主义，不过是“为渊驱鱼，为鸟驱丛”而已。所以毛泽东坚定地指出：“如果我们认识了以上这些矛盾，就知道中国是处在怎样一种皇皇不可终日的局面之下，处在怎样一种混乱状态之下。就知道反帝反军阀反地主的革命高潮，是怎样不可避免，而且是很快会要到来。中国是全国都布满了干柴，很快就会燃成烈火。”果不其然，国民党政权不出15年就被它当年所屠杀的力量所推翻，最终未能逃脱覆灭的命运。