烟囱效应的负面影响是在烟囱效应的作用下，室内有组织的自然通风、排烟排气得以实现，但其负面影响也是多方面的：首先，风沙通过低层部分各种孔洞、缝隙吹入室内，消耗热量并污染室内；其次，风通过电梯井由底层厅门人口被抽到顶层的过程中，导致梯门不能正常关闭；第三，当发生火灾时，随着室内空气温度的急剧升高，体积迅速增大，烟囱效应更加明显，此时，各种竖井成为拔火拔烟的垂直通道，是火灾垂直蔓延的主要途径，从而助长火势扩大灾情。有资料显示，烟气在竖向管井内的垂直扩散速度为3-4m/s，意味着高度为100m的高层建筑，烟火由底层直接窜至顶层只需30s左右。
如果燃烧条件具备，整个大楼顷刻问便可能形成一片火海。为有效减弱烟囱效应产生的负面影响，可采取以下一些措施。烟囱效应，是指户内空气沿着有垂直坡度的空间向上升或下降，造成空气加强对流的现象。烟囱效应的产生。在有共享中庭、竖向通风（排烟）风道、楼梯间等具有类似烟囱特征——即从底部到顶部具有通畅的流通空间的建筑物、构筑物（如水塔）中，空气（包括烟气）靠密度差的作用，沿着通道很快进行扩散或排出建筑物的现象，即为烟囱效应。属于热交换形式的一种表现。所谓烟囱效应就是利用建筑内部空气的热压差来实现建筑的自然通风。利用热空气上升的原理，在建筑上部设排风口可将污浊的热空气从室内派出所而室外新鲜的冷空气则从建筑底部被吸入。
烟囱效应的负面影响是在冬季，空气主要是通过各种外门从底层流入室内，最直接的方法是将建筑通向外界的所有门，尽可能地设置成两道门、旋转门、加装门斗或在外门内侧设置空气幕等，这对于大厅门尤为必要，对于那些次要通道连同地下停车场的外门口等，在冬季也要装门，至少应增挂厚门帘。在冬季，电梯井顶部的通风孔应适当向小调整或关闭。对于已采暖的建筑物，尽量不使低层部分的室内温度高于高层部分。当火灾发生时，不仅在任何季节通过各类竖井产生烟囱效应，而且还可能在小范围内通过穿越楼板的空调管道，甚至是一些不引人注意的孔隙产生烟囱效应。
烟囱效应的强度与进出风口的高差和室内外的温差以及户内外空气流通的程度有关。室内外温差和进出风口的高差越大，则热压作用越明显。对于室外环境风速不大的地区，烟囱效应所产生的通风效果是改善热舒适度的良好手段。热压作用下的自然通风，由于建筑物内外空气的温度差产生了空气密度的差别，于是形成压力差，趋使室内外空气的流动。室内温度高的空气，因此重小而上升，并从建筑物上部风口排除，这时会在低密度空气原来的地方形成负压区，于是室外温度比较低而比重大的新鲜空气从建筑物的底部被吸入，室内外的空气源源不断的进行流动。这种由热压而引起的自然通风被称为烟囱效应。
