1.物理方法：
防止阳光直射。（可用黑色遮挡物把水管包裹起来）。
2.化学方法：
（1）硫酸铜消除法：在进水口放点硫酸铜, 每立方米用0.7克硫酸铜；（以硫酸铜为例，适宜的投加量为：蓝藻和硅藻0.12～1.00mg/L；绿藻0.10～1.50mg/L，其中胶球藻2.5～3.0mg/L；黄金藻类0.05～0.50mg/L，其中锥囊藻2.50mg/L。）青苔可用硫酸铜，硫酸亚铁，浓度分别为1ppm , 1-2ppm左右。蓝矾消除法：每亩水用蓝矾2公斤～3公斤，兑水20公斤。
（2）利用去苔剂（50 mg/L新洁尔灭除藻剂）。
（3）用稀酸（稀盐酸、醋酸等），来回流动以清除。自来水清洗后再用食用碱水中和，最后自来水清洗到PH试纸显示中性（PH7.5-8.0）即可。
（4）可以用漂白粉，生石灰去除。浓度分别为10ppm，60-100ppm左右。平时隔一段时间用石灰水（新鲜石灰配成的10%～20%的石灰水，石灰水的配制方法为：1公斤生石灰加4～9公斤水。先将生石灰放在桶内，加少量水使其溶解，然后加足水量。石灰水现配现用，放置时间过长会失效）。冲洗，就可以防止青苔滋生了。
（5）用戊二醛比例2%的，需慎用。基本方法：添加应由少渐多，每10升水，2%的可以添加10毫升，开始控制在5～6毫升为宜，第2天添加3～4毫升，第3天再增加1/3(如出现问题可以减少)，三天后藻类有明显的变化，水可能稍微有些混，是正常反应。
(6)配制由A和B两种试剂的复合除藻剂；将高锰酸钾粉碎并配制成水溶液——A试剂；将氯化亚铜、质量百分比37％的浓盐酸及水按0．03g∶0．5mL∶100mL的比例配制酸溶氯化亚铜，将氯化铝和氯化钠分别配制成水溶液，然后将酸溶氯化亚铜、氯化铝的水溶液及氯化钠的水溶液配制B试剂；A、B两种试剂分开储存；使用时A和B两种试剂采用现场混合成复合除藻剂投加的方式。
（7）草木灰水：草木灰水配制方法为：在10公斤水中加2～3公斤的新鲜草木灰（蚕豆秆、油菜籽秆、向日葵秆燃烧后的残余物），加热煮沸（或用热水浸泡3昼夜），待草木灰水澄清后使用。每亩水用50到109公斤草木灰。