你说的这个问题,属于民事主体的司法救济途径问题。
我的看法如下——
1、企业作为市场经济的主要主体,在行政法规下,企业属于行政相对人,行政机关是行政管理人;行政管理人与行政相对人的关系是管理与被管理的关系,不是平等主体的关系。而仲裁是平等主体之间解决民事纠纷的一种途径。
2、企业因为发明专利被行政机关驳回,不可以通过仲裁解决问题,道理有二:
(1)企业与行政机关之间的关系不是平等主体之间的关系;
(2)企业与行政机关之间的的事务不是可以仲裁的范围。
3、企业不可以通过仲裁解决,但是,可以通过行政复议和行政诉讼解决。
上述看法,供你参考。