扎赉特旗国税局设有多个内设机构，这些机构分工明确，致力于税务管理和公共服务。
1. 办公室 负责制定年度工作计划，负责文秘、档案管理、会务、保密等工作，包括处理人大代表建议和政协委员提案，进行税收宣传和信息发布，以及机关政务和政府信息公开。
2. 政策法规股 执行依法行政和普法工作，监督税收法律法规执行，负责增值税、消费税等税种的税政业务管理，包括政策解读和税收协议协定的执行。
3. 税源管理股 分为一股和二股，负责税源监控，对一般纳税人和非一般纳税人进行分类管理，包括税务登记、税源调查和日常管理性检查。
4. 收入核算股 负责税收计划编制与监督，进行税收收入分析预测和管理，负责税收会计核算和统计工作。
5. 征收管理股 负责综合税收征管，包括户籍管理、发票管理和纳税服务工作。
6. 人事教育股 管理人事制度、教育培训和精神文明建设等工作。
7. 监察室 负责内部监察，受理违法违纪行为的举报和处理，以及党风廉政建设和反腐败工作。
8. 办税服务厅 提供税务服务，处理纳税人申请，负责发票管理与税收票证工作。
直属机构如稽查局负责税务稽查，税务分局和所则负责所辖区域的税收管理和纳税服务。
14. 信息中心 负责税务信息系统建设和网络安全管理，对征管数据进行分析。