行政事业单位内部控制的控制方法:内部审计、收支管理控制、人力资源管理控制、信息技术管理控制、采购管理控制、内部监督控制、风险管理控制。
1、内部审计：建立独立的内部审计机构，对单位的各项活动进行定期的、全面的审计，发现问题并提出改进意见，确保单位运作的合规性和高效性。
2、收支管理控制：建立严格的收支管理制度，包括预算编制、资金管理、财务核算等，确保单位的经费使用合规并达到预期效果。
3、人力资源管理控制：建立健全的人事管理制度，包括招聘、培训、考核、激励等，确保单位的人力资源配置合理、能力高效。
4、信息技术管理控制：建立完善的信息技术管理制度，包括网络安全、数据保护、信息系统管理等，确保单位的信息资产安全和信息化建设的顺利进行。
5、采购管理控制：建立规范的采购管理制度，包括采购流程、供应商评审、合同管理等，确保单位采购的物资和服务具备质量和经济性。
6、内部监督控制：建立健全的内部监督机制，包括内部监察、纪检监察等，对单位的各项活动进行监督和检查，发现违规行为并及时处理。
7、风险管理控制：建立风险管理制度，包括风险识别、风险评估、风险应对等，对可能影响单位运作的风险进行有效控制。
行政事业单位内部控制存在的主要问题如下
1、费用支出缺乏有效控制：行政事业单位对于行政经费的支出，特别是招待费、办公费、会议费、水电费等，普遍缺乏严格的控制标准；即使制定了内部经费开支标准，但仍较多采用实报实销制。
2、固定资产控制薄弱：实行政府集中采购制度以后，行政事业单位固定资产的购置得到了有效控制，但使用管理仍缺乏相关的内部控制，重购轻管现象比较普遍。
3、财务管理弱化：财务部门的工作限于记账、算账、报账，与业务控制脱节，对单位重要事项的决策、实施过程和结果均不了解，未能对业务部门实施必要的财务控制和监督。