进行生态农业规划应遵循以下基本原则：
整体性原则 农业生态系统是受人工控制的自然、经济、社会的复合系统，制定规划时要以生态学原理和经济规律为指导，用系统、整体观念，进行全面规划，做好总体布局。合理安排，统筹兼顾，协调农业内外各部门之间的关系，发挥系统的整体功能，实现生态、经济、社会三大效益的同步增长。
资源开发、利用和保护相结合原则 对资源不仅要合理利用，还要积极的保护，对可更新资源合理利用与增殖，对不可更新资源合理利用与保护，只有这样，方不致于对资源的开发利用消耗超过资源再生速度，使资源得到永续利用。
因地制宜的原则 农业生态系统的生态环境具有多样性和地域差异性，各地区的农业生态设计和配套技术，生态农业的建设不可能是相同的，必须根据当地具体生态环境特点、自然条件和社会经济条件，选择农民群众关心、见效快的项目。扬长避短，发挥地区优势，制定规划，发展适合当地特点的类型和模式。
多业结合、集约经营原则 生态农业必须是多业结合，包括农业内部的横向联系和农业外部的横向联系，实行集约经营，扬长避短，发挥优势。
远景 设计院提到现代农业突破传统农业封闭低效、自给半自给的局限性，发挥资源优势和区位优势，实现农产品优势区域布局、农产品贸易国内外流通。
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