海顿的交响曲创作大体可分为四个时期，除少数外，大多数交响曲的标题是后人根据他写作的地点或其他原因取名的。
早期(60年代)的交响曲写于海顿初到埃斯特哈齐宫廷之时。他做了许多尝试，如《早晨》、《中午》、《夜晚》交响曲(第6-8首)描写了太阳的初升(《早晨》第一乐章)，夏夜的暴风雨(《夜晚》第四乐章)等。这时期的小步舞曲乐章愉快优美的音乐形象，明朗的配器和丰富的乐思，都已显示出海顿交响曲的特征。从1762年左右《G大调第三交响曲》起，他采用了4个乐章快板——行板中速—小步舞曲和三声中部一快板的形式，即被后人称为标准的古典交响曲的结构形式。这里，他对古典交响曲的突出贡献在第四乐章的写法上：由于他意识到小步舞曲轻松的情绪和过于简短的结构不足以与前面两个乐章相平衡，又不可能具备终曲所应有的份量，因此，海顿从60年代末开始创造了终曲乐章的形式，用2／2节拍快板或急板写成奏鸣曲式或回旋曲式，抑或两者的结合。海顿写作时，经常考虑到具体的演奏者，为那些有能力的人谱写难度大的段落。
第二时期70年代初(1771-1774)的交响曲，一般史书认为更多地体现了狂飙运动的精神对海顿的影响。例如第44《哀悼》、第45《告别》、第47、第49《热情》、第52交响曲，作品的规模都更大了，主题更为大胆，气息更为宽阔，并含有相对比的乐思。展开部的动机和主题都更有紧迫感和戏剧性，乐曲中运用了一些出乎意料的强弱力度变化及渐强、特强。转调的幅度也更大，和声更丰富，对位也常被糅在其中。上述作品多数(除第47外)是在小调上，都有些感伤情绪。这些交响曲的慢乐章也都十分富有表现力。埃斯特哈齐宫廷丰富的音乐文化活动及其与外界频繁的交往，可能是海顿得以受到狂飙精神启发的客观原因。
第三时期1774-1788年的交响曲，一方面恢复了他原有的愉快、幽默、明朗，同时又变得更流畅，更细致，更光彩、自信，并有较多的个性。这时期海顿的交响曲开头乐章的主题更简洁、朴素和更柔和，并且更有意识地为以后乐章的展开奠定基础。而对展开与发展的写作，恰是古典主义的一个注意要点；乐队色彩变化更活泼更频繁，注意由整个乐队分担主题的材料，而不再像以往那样由单个乐器孤立演奏；终曲有了将奏鸣曲与回旋曲相混合的倾向。此间他的六首《巴黎交响曲》（1784-1786)和第88-92交响曲（1787-1788)标志着他的交响曲创作开始走向全盘，它们大都体现了上述风格。其中第82交响曲《熊》(因舞蹈性的末乐章持续低音笨拙的形象命名，乐曲用了更多的半音和声)、第83交响曲《母鸡》(因第一乐章双簧管的咯咯声得名)、第85交响曲《法国王后》(因采用可能是法国王后喜爰的法国曲调为变奏的主题而得名)，第88和第92交响曲《牛津》流行最广。需要注意的是，海顿当时极少用对比性的主题，整个乐章的展开也都是主题的展开。
海顿晚年在1791年1月至1792年7月、1794年2月至8月两次赴伦敦指挥和创作。此间，他总结了自己毕生创作的经验，写出十二部交响曲(第93-104)，俗称《伦敦交响曲》。其中包括听众熟悉的《惊愕》交响曲(第94首，固第二乐章的主题用弦乐拨弦弱奏之后，乐队突然用定音鼓奏出强烈的和弦，造成令人惊愕的效果而得名)、《军队》交响曲(第100首，使用了三角铁、钹和大鼓)，《时钟》交响曲(第101首，行板乐章中，采用像钟摆一样的固定的节奏伴奏)等。这些作品除显示了他幽默的性格以外，在形式结构方面也都是古典风格的代表。