农田灌溉水的质量直接影响果树的生长发育及产量、品质。当前我国经济稳步增长，工业发展较快，城镇人口增加，因此工业废水、城市污水的排放量逐年增加，其中的有害物质对农业环境的威胁日趋严重。
据近期统计资料表明，我国各地的农用灌溉水中的有害物主要是COD、BOD、挥发酚、氨氮及重金属离子镉、汞、铝、镍、砷、铅等。目前，全国污水灌溉农田面积已达到333.3万公顷，由于对灌溉水的污染源未得到有效控制，使农田土壤的污染进一步加重。据20世纪90年代初统计，全国废水排放总量在350多亿吨，重金属排放量在1500吨，砷排放量近1000吨，氰化物排放量为2500吨，石油类排放量在7万吨。这些含有害物的废水，有的直接排入农田用于污灌，有的排入江、河、湖、塘，但也间接地用于农田灌溉用水，因此，农田用水的污染不可忽视。
农田水污染主要来源于城市生活污水、工业废水、农田排污及固体废弃物。城市生活污水中主要含一些洗涤剂、有机污染物及大量粪便中的致病菌。工业废水中含有大量的有机物、酚、氰、油、酸、碱及重金属，由于重金属污染不易消除降解，所以工业废水是农用水污染的主要来源，并且危害大。农田排水是携带了农田中过量的残留化肥、农药代谢物和溶解性盐类，这些农田排水如果输入水体也将会给地表水造成影响。固体废弃物较小，废弃物颗粒随风扬散，落入地表水，更有甚者将固体废弃药物直接抛弃在水源周围，随自然降水直接流入江河湖泊，也可随渗沥水再渗入土壤、淋洗到地下水而形成水源污染。
水与土壤是农作物、果树赖以生存的基本条件。各种植物均按各自的生理需求，在一定限度内通过根系有选择的从土壤中吸收水分及某些营养物质。尽管一些农作物对污水有一定的自净能力，但环境中有毒物超过限量，便会出现不同程度的水一土壤一农田作物的污染效应。有毒重金属的污染对植物一般不致造成急性危害，但是容易吸收、积累残毒，通过食物链到达人体而产生危害。
有机污染物在高浓度时，对农作物造成急性危害，损害绿色植物组织，使植株失绿、落叶、枯死，直至绝产。因此，农田环境污染的治理是生产无公害农产品的基础条件，根除污染源，加强环境中污染物的监测、治理是生产无公害农产品的基本保障。