根据古代文献记载，莒为少昊之后，东夷重要的一支。建国以来考古发现的沂水南洼洞、日照秦家官庄旧石器时代早期遗存，说明远在数十万年以前鲁东南地区已有人们在此劳动生息。此后，这一地区发现的众多的距今2万年至1万年前的细石器文化遗存说明这里也是中国新石器时代文化重要的发祥地区之一。莒县历史悠久，文化底蕴深厚，是春秋时期莒国都城所在，是山东东南部地区的文化中心和代表。悠久的历史，孕育了发达的莒文化，留下了丰富的古代历史文明遗存，文物胜迹更如群星璀璨。莒地古城堡遗址达十几处，古遗址、古墓葬已发现1291处。
莒县陵阳河遗址出土的陶制大口尊上的图像文字，把中华民族文明史上推了1500余年。凭借着辉煌的历史和影响力，莒文化与齐文化、鲁文化并称山东三大文化，是华夏文化的重要发源地之一。始建于1976年的原莒县博物馆到2005年馆藏文物达12000余件，其中国家级文物200余件，不少是举世罕见的一级文物。但是随着莒县经济文化的发展，莒县博物馆已经不能满足需要。为了进一步宏扬莒文化，打造莒文化品牌，提升莒县文化品位，更好的展现城市形象，于2005年开始筹建新馆——莒州博物馆。莒州博物馆总投资7500万元、建筑面积16000平方米、馆藏文物20000余件，位于县城东部新区，紧靠县城主路振兴东路，交通便利，相关配套齐全，区位优势显著；另一方面，展览大楼共分四层，地下一层、地上三层，展览空间增大，展出文物由原来的800余件增加至目前的2000余件；同时，整个展区设计、展览方式更为科学，使用多媒体等多种手段，方便游客参观，同时还增加了休息区和排椅供游客休息。
1976年，莒县博物馆成立，位于县政府东边，是一间仅有20平方米的小平房；
1979年，扩大到200平方米；
1986年，在县城青年路南端建了陈列楼，建筑面积达到2000平方米；
1989年，对外开放，与青州博物馆、滕州博物馆并称为山东省三大县级博物馆；
莒州博物馆时期
2005年，开始筹建；
2005年11月4日，山东省省长韩寓群专门作出重要批示，要求省发改委、财政厅、建设厅等部门，就莒州博物馆规划和建设资金等给予支持；
2007年4月3日，莒州博物馆开工建设；2007年10月23日，主体框架封顶；2009年8月17日，莒州博物馆启用筹备工作会议召开；
2009年9月8日，新建成的莒州博物馆在莒县隆重开馆。
