根据以上职责，市水利局设市防汛抗旱指挥部办公室和7个内设机构：
防汛抗旱指挥部
研究制定全市防汛抗旱和农田水利基本建设的有关政策、制度、规划、计划；检查、指导全市防汛抗旱工作，收集、分析防汛抗旱信息；负责汛期大中型水库和长江大中型涵闸的调度运用；负责跨县内河管理；负责水利信息化建设与管理工作；承办市防汛抗旱指挥部和市农田水利基本建设指挥部的日常工作。内设3个职能科（中心）。
1.综合科
协助防办领导综合协调各科（中心）工作；负责机关内部管理制度建设和主要文件起草工作；负责文秘管理、后勤管理、值班管理、政务公开、政务信息、会议组织、预警发布、宣传报道等工作；负责防汛机动抢险队和抗旱服务队的建设、管理；负责防汛抗旱物资器材管理调度。
2.防汛抗旱调度科
负责拟订全市防汛抗旱、农田水利基本建设规章制度和规划；组织编制、审查重要江河湖库防御洪水方案和洪水调度方案，负责汛期大中型水库和长江大中型涵闸的调度运用；编制、审核防汛抗旱应急预案；收集、分析防汛抗旱信息，提出工作意见并负责督促实施；组织指导防汛抗旱应急工程建设和农田水利基本建设，提出应急工程资金和补助经费安排意见。
3.信息中心
负责全市水利信息化工作；负责信息化专业规划的编制、实施；负责市水利信息化项目的开发、推广和日常运用管理、维护；指导全市水利系统信息化建设，负责信息化技术培训与对外交流。
内设机构
1.办公室
综合协调机关政务工作；承担机关文电、会务、机要、档案、财务等日常运转工作；负责机关内部制度建设、政务公开、安全保卫、来信来访、宣传、计划生育等工作；负责机关离休人员的服务管理工作，指导直属单位离退休人员的服务管理工作。
2.基建计划科
组织编制全市水利发展战略和中长期规划；负责全市重点水利工程建设项目计划的申报、下达和调整工作；负责全市重点水利水电工程建设项目招标投标、开工许可、工程验收等基本建设程序管理工作；负责基建统计报表和综合统计报表及统计人员的业务培训工作；组织实施国家有关水利基本建设的法规、政策及质量标准；指导在建水利工程的质量管理和安全生产工作。
3.水政水资源科 (行政许可科)
负责全市涉水项目的行政许可审批，组织起草有关水利工作规范性文件；监督水法律法规的实施；负责行政复议、行政处罚有关工作；组织、指导水政监察和水行政执法工作；组织协调处理水事纠纷；组织实施水资源取水许可制度、水资源有偿使用、水资源论证制度；组织、指导水资源调查、评价和监测工作；组织水功能区划分并监督实施；指导水量水质监测和入河排污口设置工作；指导计划用水、节约用水工作；发布水资源公报。
4.工程技术科
组织编制全市水利规划、专业规划和专项规划；承办水利基建项目建议书和可行性研究报告的审核工作，按规定承担水利基建项目初步设计文件审查的有关工作；组织全市涉河项目防洪论证及建设方案的审查工作；指导全市水利建设项目合规性审查工作；组织全市重大水利科学研究、科技推广和科技交流工作；负责水利行业技术标准、规范的有关管理工作；承担市水利学会的日常工作。
5.农村水利科
组织、指导全市水库、大中型水库灌区的水工程管理；组织、指导市属花凉亭、麻塘湖水库灌区工程的管理，负责项目的审查和申报并组织实施；组织、指导农村水利专项规划的编制和管理；负责全市乡镇供水、农村饮水、节水灌溉、水利血防和小型农田水利工程建设与管理的指导工作；指导全市农村水利社会化服务体系建设。
6.财务科
负责全市水利系统贯彻实施有关水利的价格税收、信贷、财务政策和会计法规；对全市水利资金拨付实施监督；对市局负责进行竣工验收的项目进行财务审计；组织行政性收费和其他非税的收缴；指导全市水利系统财务及国有资产的保值增值；指导局直单位财务与会计工作并对收支预算执行情况进行检查；对局直单位国有资产管理和保值增值实施监管。
7.人事科
负责机关和直属单位的机构编制、人事管理、考核表彰和教育培训等工作；指导全市水利行业职工队伍建设；承担机关和直属单位对外事务工作。
机关党委负责机关和直属单位的党群工作。
市纪委（监察局）派驻市水利局纪检组（监察室）按照有关文件规定履行职责。
