一般来讲，儿子如此优秀，父亲当喜笑颜开，当时朱棣的情况不一般，主要就是身世上存在疑案。虽然根据相关材料记载，朱棣的生母那一栏上面是明晃晃写的是马皇后，但是事实显然没有这么简单，而且现在普遍认为朱棣的生母是龚妃。而且这龚妃原本是元顺帝的妃子，甚至有传言说龚妃在转手到朱元璋宫中时已经身怀有孕，如此一来，不论真相如何，朱棣都不会被朱元璋考虑在内，毕竟大明的江山要稳固传到朱家手中。
1.朱棣生母不详
倘若朱棣生母不祥，但那几位怀疑人选都是清清白白的朱元璋的妃子也没有大问题，然而事情并非那么简单。朱元璋之所以在自己的两位长子相继撒手人寰之后，依旧对文韬武略样样不输的朱棣熟视无睹，而且还非要打破传统传位模式，将自己的帝位转交给朱允炆，是单纯的因为朱棣的生母不详，而且生父是否是自己也存在疑点。虽说朱棣不是马皇后的儿子，但若是什么张孙李妃也可，但却最有可能是龚妃，而这龚妃可不是一直以来就死心塌地跟随朱元璋的人，她第一任服侍的是元顺帝。
2.朱元璋不做无谱后事
纵观朱元璋的一生，能不惊叹叫绝，能不声声称奇，能不惊天动地，能不惊为天人，从十八线小人物一路攀爬到一线定级流量权威人物，这其中不光有有他智勇双全的能力，更有谨小慎微的处事风格。既然朱棣生母不祥，那么朱棣是不是自己的儿子就存在问题，倘若此子是元朝的子嗣，那么让他做储君，岂不是拱手将大明江山付诸东流。朱元璋如此精明的人，怎会打无准备的仗，自然只能用强硬地方式将朱棣分出去，好礼好物相待。
其实朱棣成功篡位后的所作所为颇有种让人迷惑的感觉，篡位毕竟是明正不顺，所以为了挽回自己的影响，来证明自己的出身的的确确是嫡室所出，朱棣就建造了大报恩寺来为朱元璋和马皇后祭祀。但是恰恰就是这大报恩寺内部出现了问题，大报恩寺内部侍奉的并不是朱棣昭告世人的对象，而是龚妃，如此一来就更加让人对朱棣的身世产生疑惑。