钻探是利用机械设备和工具钻取地层岩石，以采得的岩心进行分析鉴定，为掌握钻孔的地质和水文地质情况的一种手段。它具有效率高、勘探深度大等优点。是水文地质勘探中广泛使用的手段。水文地质钻探与一般的矿产地质钻探比较，有其不同的自身特点：
（1）孔深较浅：在钻孔结构上，一般的水文地质钻孔深度较浅，多在200～500m之间，在松散层中一般不超过100m。
（2）孔径较大：由于水文地质钻孔大多要安装抽水设备和过滤器，因而钻孔的口径较大，多在150mm以上。
（3）钻孔结构复杂：为满足在一个钻孔通过抽水试验分别取得不同含水层为基本数据，要求必须分层止水以隔离彼此之间的水力联系，常需变换孔径，使得钻孔结构复杂化。
（4）常用清水钻进：在钻进工艺上，为了在穿过流砂层、砾卵石层、风化破碎带、构造破碎带等特殊部位时，不影响数据资料的真实性，往往要求用清水冲洗液钻进。
（5）多采用回转钻进：在钻进方法上，多采用转盘式钻机进行回转钻进。遇到砾卵石层则常用机械冲击式钻机进行冲击钻进。
（6）要进行简易水文地质观测：为了有助于判断钻进过程中水文地质条件的变化，除了对岩心进行详细描述外，还要作简易水文地质观测，即测定孔内水位、水温、冲洗液消耗量及涌水量等项目。