灌云县水利局的主要职责包括：
执行国家、省、市关于水利的法律法规和政策，制定并监督实施县内的水利工作方针和规划，涉及水资源保护、防洪、农村水利、供水、节水、水土保持等多个领域。
负责水旱灾害防治，协调防汛、防旱、防台工作，对重要水利工程进行调度，制定应急预案并组织执行，确保水资源合理利用和管理。
统管全县水资源，制定供水计划和水量分配方案，保护水源地和河道，实施取水许可和水资源费征收。
负责水资源保护，划分水功能区，控制排污，监测水质，审批排污口，参与环境保护，推动节约用水和节水型社会建设。
监督水政监察和水行政执法，查处违法行为，调解水事纠纷，管理水利固定资产投资和专项资金。
负责水利工程基本建设，监督工程质量，确保水利行业的安全。
指导农村水利工作，组织农田水利建设，保障农村饮水安全，推进节水灌溉和乡镇供水，管理水土资源。
推动水利科技教育，组织水利技术研究和推广，制定行业标准，加强队伍建设，推动水利信息化和对外交流合作。
此外，还有财务管理、水利设施和水域保护、水利设施管理以及农村水利服务体系建设等职责。