在口袋妖怪-彩宝石版本中，游戏体验得到了显著提升。首先，战斗界面经过全面整改，主角的初始场景和游戏主界面也随之焕然一新。精灵头像的显示也有了改进。
在对决部分，道馆馆主和四天王的战斗背景更新，每个选择不同主角的任务设计巧妙，如选择红发主角的任务与幽灵精灵相关，绿帽女主角则对应草系精灵，而选择伪小茂的主角则与暗系精灵有关，黑裙子少女的任务则与飞行系精灵紧密相连。
角色交换方面，黑白三初始角色在联盟交易中心的初始老头可以进行交换，增加了游戏的多样性。紫苑镇新增了一个特殊NPC“不进化老头”，允许玩家遗忘已习得进化的精灵，但遗忘后将无法再次进化。
在挑战上，彩虹市的鬼斯进化路径扩展，技能列表中增添了众多强大技能，如“扔泥”、“电球”、“爆裂火焰”等，增加了战斗策略的丰富性。11号路和1号路也各有事件，如大嘴雀围攻小精灵和修复了跳跃卡顿问题。
角色的成长路径也有所调整，比如伊雅隧道孵化蛋的结果因角色选择而异，宠物村增加了进化道具“暗之石”。联盟交易中心增设电鬼研究所，口袋岛的达人挑战关东大会，小茂的剧情线发生了改变。
此外，2周目剧情丰富，常盘市新添“全球联动对战大厅”，挑战全球明星，成功后可获得开启神兽的道具。关东地区的训练师实力提升，精灵种类更加全面，小茂入驻了常盘道馆。
这些改动无疑为玩家带来了更加丰富、多元的口袋妖怪世界体验。每个细节的改进都让游戏的沉浸感和挑战性得到了增强。