项目管理软件的优势主要体现在对单个或多个项目的进度和资源管理上，它是以完成项目和对项目的计划和控制为前提的，但是一般的项目管理软件都没有和企业的成本或会计系统集成，这是项目管理软件的一个很致命的劣势。
ERP软件通常是对企业的进销存以及生产计划的管理，该系统一般并不针对项目，而是针对定单，项目的WBS和定单的BOQ（报价单项）是非常不一样的两种分解结构，前者是针对项目范围，是指完成项目必须完成的所有工作；而后者是针对合同的交付件，它并没有包括为完成合同（项目）还必须完成的其它相关工作，比如采购工作和相关的管理性工作。另外，ERP系统通常没有项目管理软件那样强的项目进度计划管理功能（网络图和进度偏差分析）、针对项目作业的资源管理和多项目管理功能。
不过ERP软件本身也在发生很大的改变，前不久我对Oracle的项目管理模块做了一些了解，据他们的销售人员讲该系统能够建立项目WBS和企业会计科目之间的对应关系，如果真是这样，将是一个非常了不起的进步。这意味着项目成本能够在更低的层次上建立与企业会计科目的对应，强化了对项目成本的控制，对于项目型组织而言，这是非常重要的。
从某种意义上说，项目管理软件和ERP的区别，就是项目型组织和生产制造性企业的区别，因为管理软件本身可以理解成企业流程运作管理的另外一种表现形式.