南京铁道职业技术学院的党群机构包括：党委办公室（与院长办公室和外事办公室共同办公），组织部，统战部（与组织部联合），宣传部，纪委办公室（与监察处合并），以及保卫部（与保卫处合并）。学生工作管理由学生工作部（与人武部和学生工作处联合）和人武部（与学生工作部和学生工作处合并）负责，工会和团委也设有专门的行政部门。
行政管理部门包括：院长办公室（与党委办公室和外事办公室合署），外事办公室（与党委办公室和院长办公室合署），人事处，财务处，监察处（与纪委办公室合并），审计处，以及保卫处（与保卫部合并）。教务、质量管理、科技产业、校企合作和招生就业等工作由相应的部门负责，后勤与资产管理处下设图书馆、信息管理中心、高教研究所和基建工程部（新校区建设指挥部）以及后勤保障中心。
在院系部方面，学院设有运输管理学院、通信信号学院、动力工程学院、经贸学院、软件学院、地铁学院、继续教育学院，还有外语教学部和社会科学教学部，以及体育教学部。
南京铁道职业技术学院是2002年6月经江苏省人民政府批准成立、教育部备案的一所省属公办专科层次的全日制普通高校，也是江苏省教育厅和上海铁路局共建的一所高等职业技术学院。学院办学历史悠久，其前身是创建于1941年的南京特别市立第一职业中学。学院本部现设有8系2部1院，即运输管理系、自动控制系、通信工程系、财经贸易系、计算机科学系、旅游系、艺术系、铁道动力与工程系、基础部、国际合作部、继续教育学院。