配伍禁忌在药物使用中有重要作用，神农本草经指出“勿用相恶、相反者”，并强调“若有毒宜制，可用相畏、相杀者尔，勿合用也”。自宋代以后，“相畏”关系也被列为配伍禁忌，但与“相恶”关系混淆不清。因此，“十九畏”的概念与“配伍”一节中所谈的“七情”之一的“相畏”，涵义并不相同。
在实际应用中，有部分“十九畏”和“十八反”的药物与传统理论有些出入。历代医家引古方为据，证明某些药物仍然可以合用。例如，感应丸中的巴豆与牵牛同用，甘遂半夏汤以甘草同甘遂并列，散肿溃坚汤、海藻玉壶汤等均合用甘草和海藻，十香返魂丹将丁香、郁金同用，大活络丹乌头与犀角同用等等。现代研究工作对此领域关注较少，但部分实验研究初步表明，甘草、甘遂两种药合用时，毒性的大小主要取决于甘草的用量比例。若甘草的剂量相等或大于甘遂，毒性较大；而贝母和半夏分别与乌头配伍，未见明显的增强毒性。细辛配伍藜芦，则可能导致实验动物中毒死亡。
研究“十九畏”和“十八反”的工作仍需进一步深入，以了解其机理。因此，目前应采取慎重态度。对于其中一些药物，若无充分根据和应用经验，仍须避免盲目配合应用。
在妊娠用药方面，某些药物具有损害胎元以致堕胎的副作用，因此应作为妊娠禁忌的药物。根据药物对胎元损害程度的不同，可将其分为禁用与慎用两类。禁用的药物大多是毒性较强或药性猛烈的药物，如巴豆、牵牛、大戟、斑蝥、商陆、麝香、三棱、莪术、水蛭、虻虫等；慎用的药物包括通经去瘀、行气破滞及辛热等药物，如桃仁、红花、大黄、枳实、附子、干姜、肉桂等。禁用的药物绝对不能使用；慎用的药物则应根据孕妇患病情况斟情使用。但没有特殊必要时，应尽量避免，以防发生事故。
服药时的饮食禁忌在古代文献中已有记载，如常山忌葱、地黄、何首乌忌葱、蒜、萝卜，薄荷忌鳖肉，茯苓忌醋，鳖甲忌苋菜，以及蜜忌葱等。服用某些药物时不可同吃某些食物。此外，由于疾病的关系，在服药期间应避免生冷、粘腻、腥臭等不易消化及有特殊刺激性的食物，特别是高烧患者应忌油。
十八反十九畏是指不要让有些药物合用，合用的后果是会产生各种副作用的，在古代十八反十九畏指泛数的各种可以产生相互作用的药名，并在金元时代概括编成了口诀。