太平天国运动失败的原因包括：丧失斗志和指挥失误、农民阶级的局限性、腐败严重、政府和外国侵略者互相勾结起来，残酷镇压太平天国等。
一、丧失斗志和指挥失误
过早建都丧失锐气，太平军攻克南京后杨秀清率文武百官迎洪秀全入城，遂决定建都于南京，并改南京为天京。在太平军攻占武昌时，就存在着去向问题，北进河南则威胁清京，东下金陵则有可能形成割据局面，如今太平军已顺利攻占南京，同样又存在着去向问题。
如果以南京为根据地，然后向北发兵，把战略重点放在推翻清王朝上。这样的话，太平军就应集中精锐部队及最有权威的将领进入河南、河北、山东，兵锋直指清廷，这当是太平军攻占南京的战略抉择之一。如果过早在南京建都，太平军必然以保卫天京的安全为目的来部署一切兵力，革命的进攻阶段就会停顿下来，锐气就会减退。
因此，在南京建都实在是犯了兵家之大忌。而这却是出自洪秀全、杨秀清的意愿。太平军离开广西之后，便有“取金陵为本”之议。杨秀清认为只要占领了南京，即使成不了事，也可占领黄河以南。洪秀全则多次称南京为“小天堂”，把“小天堂”作为奋斗的目标，在建都问题上，洪、杨都有偏安和及早享受的思想。
二、农民阶级的局限性
农民阶级有先天局限，太平天国起义带有旧式农民战争的烙印，农民阶级的分散性、守旧性，以及眼光短浅等毛病，在太平军中都有突出表现。许多太平军将士参加革命都是出于生活所迫，希望改变贫穷落后的经济地位，用太平天国名将李秀成的话说，当时太平军将领号召“凡拜上帝之人不必畏逃”，可以“同家食饭”。
这和旧式农民起义者的动机是一致的，许多太平军将士在参加革命队伍时，就是抱着当将军、当丞相、当夫人的目的来的。太平军将领也用这些来鼓动士兵英勇作战，如洪秀全在永安突围时，号召“男将女将尽持刀，同心放胆同杀妖”。因为这样做就能“脱尽凡情顶高天，金砖金屋光焕焕，高天享福极威风，最小最卑尽绸缎，男着龙袍女插花”。
为了达到这些不太清晰的目标，他们作战非常勇敢，作出很大的牺牲，他们付出的代价是惨重的，但最终总是归于失败，这是历史的规律，也是历史的局限。
三、腐败严重
腐败从根本上动摇了太平天国政权的根基，太平天国的腐败是和建都天京同时产生的，尽管洪秀全曾经提出要建立一个没有以强凌弱、尔虞我诈的公平世界，鼓吹凡天下男人皆兄弟、天下女子皆姊妹的平等思想，但他这些从西方基督教教义中捡来的货色，在洪秀全思想中没有深化，也没有消化。
洪秀全很难把这些平等思想付诸实践，只能按照封建王朝的等级制度，即《太平礼制》所规定的等级来规定自己所应该享受的待遇和特权。
四、清政府和外国侵略者互相勾结起来，残酷镇压太平天国等。