建立完善耕地保护和土地管理的责任制度，是《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》（国发〔2004〕28号）的一项重要内容。按照文件规定，保护和合理利用土地的责任在地方各级人民政府，省、自治区、直辖市人民政府应负主要责任。地方各级人民政府要对土地利用总体规划确定的本行政区域内的耕地保有量和基本农田保护面积负责，政府主要领导是第一责任人。要建立耕地保护责任考核体系，严格执行土地管理责任追究制。
2005年，《国务院办公厅关于印发<省级政府耕地保护责任目标考核办法〉 的通知》（国办发〔2005〕52号）进一步明确，各省、自治区、直辖市人民政府对《全国土地利用总体规划纲要》确定的本行政区域内的耕地保有量和基本农田保护面积负责，省长、主席、市长为第一责任人。
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《国务院关于加强土地调控有关问题的通知》（国发〔2006〕31号）要求，要按照责权一致的原则，进一步完善责任制度。一是完善了责任内容，地方各级人民政府主要负责人要对本行政区域内的土地管理和耕地保护负总责，不仅要对审批的用地负责，而且要对所有实际发生的用地负责。二是严格实行问责制，对于辖区内发生土地违法案件造成严重后果等情形的，要追究有关地方人民政府负责人的领导责任。三是明确了考核依据，将新增建设用地控制指标（包括占用农用地和未利用地）纳入土地利用年度计划。明确以实际耕地保有量和新增建设用地面积为依据，对土地利用年度计划、土地管理和耕地保护责任目标等进行考核。实际用地超过计划的，扣减下一年度相应的计划指标。四是按照权责一致的原则，调整审批方式，简化审批程序，以此进一步强化地方的责任。