朱允炆的真正下落，至今难以确考，为明史的一大疑案。但是：根据谷应泰在《明史纪事本末》的记载：燕军破城而入时，朱允炆欲拔刀自尽，少监王钺在侧拦住说：“陛下不可轻生，从前太祖升遐时，曾留有一个箱子，并说‘子孙若有大难，可开箱一视，自有方法’。”朱允炆即命王钺取箱，片刻后有太监四人，扛一箱入殿，箱的四围俱用铁皮包裹，连锁心内也灌生铁。王钺取了铁锥，将箱敲开，里面藏着度牒三张，以及袈裟僧帽僧鞋等物，并有剃刀一柄，白银十锭，及一张纸，纸中写着：“允炆从鬼门出，余人从水关御沟出行，薄暮可会集神乐观西房。”朱允炆叹息道：“天命如此，还有什么可说的？”太监立即取出剃刀，给朱允炆剃发。朱允炆脱了衣冠，披上袈裟，藏好度牒；一面命纵火焚宫。顿时火光熊熊，把金碧辉煌的皇宫，烧为灰烬。皇后马氏，投火自尽，妃嫔多半焚死。朱允炆痛哭一场，麾衣出走。鬼门在太平门内，是内城一矮门，仅容一人出入，外通水道。朱允炆伛偻先出，其余亦鱼贯出门。门外正好有一艘小船，船中有一道士，呼朱允炆乘舟，并叩首称万岁。道士说：“昨夜梦见高皇帝，命臣来此守候。”流亡诸人遂乘舟而去。 这是个十分离奇的传说，流传很广。在西南数省留有不少有关朱允炆的遗址和传说。
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