色谱柱是色谱分析中不可或缺的关键部件，根据其功能和特性，主要可以分为分配柱和吸附柱两大类。
在分配柱中，填料的选择十分重要。最常用的有碳十八柱，以其ODS/C18的化学结构，对极性化合物有良好的分离效果。碳八柱（MOS/C8）因其较低的极性，适用于非极性或弱极性化合物的分离。碳六柱（Hexyl/C6）和碳四柱（Butyl/C4）分别适用于极性中等和较低的化合物。碳一柱（Methyl/C1）则针对极性较高的一类物质，而阴离子交换柱（SAX）和阳离子交换柱（SCX）则利用离子交换原理，分别适用于阴离子和阳离子的分离。苯基柱（Phenyl）和氨基柱（Amino/NH2）则针对特定的芳香族化合物和氨基化合物。氰基柱（Cyano/CN/Nitrile）则因其氰基特性，适用于含有氰基的化合物分析。
吸附柱则主要利用填料的吸附性能，硅胶柱是最常见的吸附柱填料之一，因其疏水性，常用于有机化合物的分离，特别是对于极性较小的化合物有良好的保留效果。硅胶柱的选择取决于待分离物质的性质和实验需求。
色谱柱由柱管、压帽、卡套（密封环）、筛板（滤片）、接头、螺丝等组成。