1、方法不同。财务审计指审计机关按规定程序和方法对国有企业资产负债、损益的真实、合法、效益进行审计监督。工程审计指审计机构依据国家的法令和财务制度、企业的经营方针、管理标准，对工程项目的工作，用科学方法和程序进行审核检查，判断是否合法合理和有效。
2、作用不同。财务审计揭露和反映企业资产、负债和盈亏的真实情况，查处企业财务收支中各种违法违规问题。工程审计发现错误、纠正弊端、防止舞弊、改善管理，保证工程项目目标顺利实现的活动。
3、方式不同。财务审计检查各类报表是否编报齐全，仔细阅读报表说明。工程审计独立于项目组织外，审计人员与项目组织无任何直接的行政或经济关系。