根据省政府办公厅的文件精神，行经舟山跨海大桥的货车在过桥时会按照车型进行收费。具体收费标准如下：
一类车的全程通行费为100元，还需额外支付10元的舟山本岛车辆通行费，总计110元；
二类车的费用为200元，加上20元的本岛通行费，总计220元；
三类车的通行费为295元，加上20元的附加费，共计315元；
四类车的费用为345元，同样加收20元，总费用为365元；
五类车的全程通行费为395元，加上20元的附加费，总费用为415元。
如果同一辆车在同一天内多次往返大桥，只要第一次已缴纳过通行费，后续往返免收舟山本岛车辆通行费。另外，自货车通行开始，国际标准集装箱车辆进出舟山跨海大桥收费站，其在大桥段的通行费按应收费额的50%收取，此规定暂定实施三年。
值得注意的是，在大桥试运营期间，根据交通部的《公路工程竣(交)工验收办法》和舟山、宁波两市联合发布的《舟山跨海大桥管理暂行办法》，危险化学品运输车辆被严格限制通行，禁止其通过大桥。
舟山跨海大桥（又名舟山大陆连岛工程），是国家高速公路网甬舟高速公路（G9211）的主要组成部分。跨海大桥由浙江省交通投资集团投资建设，起自舟山本岛的329国道鸭蛋山的环岛公路，经舟山群岛中的里钓岛、富翅岛、册子岛、金塘岛至宁波镇海区，与宁波绕城高速公路和杭州湾大桥相连接。舟山跨海大桥跨4座岛屿，翻9个涵洞，穿2个隧道，投资130亿元。2009年12月25日大桥正式通车。