扣除工程质保金的手续是：主要有逐次扣留（即按照发包人在支付工程进度款时按比例逐次扣留）和一次性扣留（即发包人在工程竣工结算时一次性扣留质量保证金）两种。
《建设工程质量保证金管理办法》
第五条
推行银行保函制度，承包人可以银行保函替代预留保证金。
《建设工程质量保证金管理办法》
第六条
在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金。
采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，发包人不得再预留保证金。
《建设工程质量保证金管理办法》
第七条
发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的5%。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的5%。