一、在第一条“加强水资源管理”之后增加“落实最严格水资源管理制度”，将“维护生态环境”修改为“保护生态环境”。二、将第四条中的“讲究效益”修改为“讲求效益”。三、增加一条作为第五条“自治州应当建立健全河（湖）管理体系，全面推行州、县、乡、村四级河（湖）长制，加强水资源保护、水域岸线管理、水污染防治、水环境治理、水生态修复和执法监管。”四、将第五条调整为第六条，并修改为“州、县人民政府应当将水资源开发、利用、节约、保护和管理工作纳入本级国民经济和社会发展规划，制定年度计划，建立用水总量控制制度、用水效率控制制度、水功能区限制纳污制度、水资源管理责任和考核制度，保障资金投入，促进水资源可持续利用。”五、将第六条、第七条调整为第七条、第八条。六、将第八条调整为第九条，将第一款中的“污染损坏水环境和水工程”修改为“污染水环境和损坏水工程”，“举报和监督”修改为“监督和举报”；在第二款“给予表彰和奖励”之前增加“按照国家有关规定”。七、增加一条作为第十条“自治州实行用水总量控制制度。
“州、县人民政府水行政主管部门应当根据上级人民政府水行政主管部门批准的水量分配方案和年度预测来水量，制定年度水量分配方案和调度计划，实施水量统一调度。”八、将第九条调整为第十一条。九、将第十条调整为第十二条，将第一款修改为“开发利用水资源，应当依照水资源综合规划和专业规划实施，坚持总量控制和计划用水，首先满足城乡居民生活用水，科学配置生态、农业、工业用水。”十、增加一条作为第十三条“州、县人民政府水行政主管部门应当按照生活、生态、农业、工业等用水类型配置和管理水资源，加强水资源用途管理，开展水循环利用，提高水资源管理能力和利用效率，保障水资源使用单位和个人的合法权益。”十一、将第十一条调整为第十四条，将第一款中的“合理开发地下水，综合利用水资源”修改为“严格控制开采地下水，推广利用再生水”；删去第二款。十二、将第十二条调整为第十五条。十三、将第十三条调整为第十六条，删去第一款中的“建设项目实行谁投资、谁管理、谁受益，其合法权益受法律保护”；删去第二款；将第三款调整为第二款，并修改为“在自治州境内建设水利水电工程，应当做好水土保持、草原植被保护恢复、环境影响评价和文物保护工作，落实生态基流保障措施，确保河道生态流量。”十四、将第十四条调整为第十七条。十五、将第十五条调整为第十八条，并修改为“水工程（含取水和蓄水工程）建设必须符合流域综合规划。在河流、湖泊上建设水工程，按照管理权限，应当取得有关流域管理机构或者州、县人民政府水行政主管部门签署的符合流域综合规划要求的规划同意书，未取得的不得开工建设。水工程建设涉及防洪、水土保持和环境保护的，依照有关法律法规规定执行。”十六、将第十六条调整为第十九条，删去第一款；将第二款中的“经水行政主管部门组织审核同意，作为取水许可的技术依据，方可办理取水许可审批手续”修改为“经水行政主管部门组织审查，作为办理取水许可的技术依据，并对取水设施进行核验，验收合格且与水资源论证情况相符的，方可办理取水许可证”。十七、将第十七条、第十八条调整为第二十条、第二十一条。十八、将第三章章名“水资源保护与节约”修改为“水资源节约与保护”。十九、增加一条作为第二十二条“自治州实行用水效率控制制度。
“州、县人民政府水行政主管部门应当根据上级人民政府水行政主管部门下达的用水效率控制指标，制定辖区内用水效率控制指标，并严格监督执行。”二十、将第十九条调整为第二十五条第一款，将“州、县人民政府应当依法保护饮用水水源保护区”修改为“自治州实行饮用水水源保护区制度”；将“处理预案”修改为“处置预案”。
增加一款作为第二十五条第二款“饮用水水源保护区分为一级保护区和二级保护区，必要时可以在饮用水水源保护区外围划定一定区域作为准保护区。饮用水水源保护区的划定和调整，由州、县人民政府提出方案，报省人民政府批准并公告。”二十一、将第二十条第一款调整为第二十六条，并修改为“在饮用水水源保护区范围内，不得从事《中华人民共和国水法》《中华人民共和国水污染防治法》和《青海省饮用水水源保护条例》禁止的行为。”
将第二十条第二款调整为第二十四条第三款。
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