根本原因是日韩关系本来就不好，双方不仅在历史问题和文化方面有冲突，就连支柱产业布局也是高度重叠。对于日本来说，韩国经济持续走高，已经严重影响到了日本。
举个例子，日韩都是汽车制造大国。但是双方都不买对方国家的车。去年日系车在韩国的销量只有5.3万辆，韩系车在日本的销量只有300辆。双方表面上虽然没有撕破脸，但是明争暗斗早就开始了。
这次贸易战虽然只涉及个别行业，但是这种矛盾是无法调和的。如果不出意外，这样的贸易战以后还会更多。
除了根本原因之外，还有两个直接原因。一是韩国“火控雷达”事件让日本很不满。
所谓火控雷达事件，指的是去年年底，日本海上自卫队一架海上巡逻机在能登半岛外海进行海上巡逻警戒时，被韩国海军一艘广开土大王级驱逐舰以火控雷达发射电波锁定的事件。隔天，日本防卫省公开此事件，并透过外交管道向韩国提出抗议。
韩国事后表示，当时韩国军舰只是在搜救一艘朝鲜船只，而启动火控雷达也只是为了确认朝鲜船只位置，并不是故意针对日本。
但这个解释，日本方面表示不认可。并且日本防卫省还公开了当时的影片，在日本提供的影片中，清楚的显示朝鲜船只就在韩国海军船舰旁边，韩国军舰没有必要使用火控雷达。
韩国方面对日本的质疑没有正面回应，只是说日本的影像资料并不构成证据，但韩国也没有否认。相当于是耍赖皮了。这种敷衍了事的态度，让日本非常生气。
第二个直接原因关于二战韩国劳工的赔偿纠纷事件。
二战期间，日本在朝鲜半岛实行殖民统治的时候曾强征大量韩国人当劳工去做苦力。去年下半年，韩国大法院裁定日本企业赔偿这些被强迫劳动的韩国人。
但日本方面认为，日韩在1965年两国建交时签订的《韩日基本条约》中，已经解决了这个问题。拒不再赔。
PS：根据《韩日基本条约》，日本向韩国赔偿八亿美元，以这笔钱作为二战期间韩国受害者家庭的经济补偿。签订协议时，日本方面提出要把补偿金直接交到受害者手中，但被当时的韩国政府拒绝。韩国政府要求日本政府先把这笔钱支付给自己，然后再由政府分发给每个受害人。但事后有资料显示，韩国政府私吞了这笔资金，并没有交与受害人。
也就是说，日本政府当时确实赔钱了，韩国政府也确实收到了这笔钱，但是由于韩国政府的贪污腐败问题，韩国受害者家庭没有拿到这笔钱。