浙江省的特大防汛抗旱补助费管理有着详细的申报与分配规定。首先，各市、县（市、区）需通过财政和水利部门联合向省财政厅、省水利厅提交申请，需按照规定的财政部门文号和主送单位进行申报。省水利厅下属单位则直接向两厅申报，同样明确主送单位。
申报文件需严格遵循补助费申报格式，并且内容需符合第二章中关于补助费使用范围的要求。特大防汛、抗旱和应急度汛的补助费申报，都有单独的文件格式要求，需参照附件1、2、3执行，省水利厅直属单位需明确具体项目。
未按规定时间或格式提交的申请将被拒批中央和省级补助费。补助费的分配基于水旱灾情因素，如洪涝受灾面积、水利工程损失、地方防汛投入等。特大防汛、抗旱和应急度汛的分配因素各有侧重，具体见第十条。
省财政厅和省水利厅根据上述因素制定分配方案，经省政府批准后，省财政厅会下达补助资金，并抄送相关单位。各市、县在收到资金后，需在30天内细化资金分配并上报备案，备案文件将作为后续检查的依据。应急度汛项目的补助资金分配则在专家评审和择优选择后，由省水利厅和财政厅共同审批并下达。
依据《中华人民共和国预算法》《中华人民共和国防洪法》《中华人民共和国防汛条例》等法律法规，制定《浙江省特大防汛抗旱补助费管理实施细则》。该《实施细则》于2012年2月23日由浙江省财政厅、浙江省水利厅以浙财农〔2012〕47号印发。《实施细则》分总则、补助费使用范围、补助费申报与分配、监督管理、附 则5章18条，自发布之日起30日后实施。《浙江省特大防汛抗旱补助费使用管理办法》（浙财农〔1999〕433号、浙水管〔1999〕89号）及《关于印发申请特大防汛抗旱补助费和水利建设基金报告格式的通知》（浙防汛〔2001〕36号）予以废止。