阜阳师范学院的化学系有着悠久的历史，始于1974年，随着1977年国家高考的恢复，化学专业开始招收本科生。1980年，理化系进一步分离，专注于化学专业的深化发展。
目前，化学系设有无机化学</、有机化学</、分析化学</、物理化学</及应用化学</五个教研室，以及七个专业基础课实验室，总价值超过600万元的教学设备提供坚实支持。化学系不仅负责化学专业的教学，还协助生物系部分基础课程的教学。
在教学计划的制定和调整中，化学系注重课程体系的全面优化和结构比例的平衡，不断拓展化学在新兴学科的应用。课程设置包括高等数学</、普通物理学</、计算机应用基础</等，以及专业核心课程如无机化学、有机化学、分析化学、仪器分析、物理化学等。其中，有机化学</被列为优质课程，有机化学</、无机化学</、物理化学</等更是学院重点建设的课程。
为了提升学生的适应性和竞争力，化学系还提供了一系列选修课程，如针对考研的、环境科学方向的、应用化学方向的，以及中学化学研究方向的课程，以满足不同学生的发展需求。