截至2013年12月，该校设有国家级实验教学示范中心1个，省级产学研合作示范基地3个。 省部级重点研究基地14个，省级重点实验室4个。
附属医院：第一附属医院（湘西自治州人民医院）、第二附属医院（吉首市人民医院）、附属中医院(湘西州民族中医院)、附属黔江医院（重庆市黔江中心医院） 序号重点实验室名称批准单位批准时间1湖南省林产化工工程重点实验室省科技厅1995年2（武陵山区）植物资源保护与利用湖南省高校重点实验室省教育厅2008年3湖南省生态旅游重点实验室省科技厅2010年4湖南省杜仲工程实验室省发改委2012年
省级社科研究基地 序号 基地名称 批准单位 批准时间 1 湖南省民族学研究基地 省委宣传部社科规划办 2002年 2 国家民族体育重点研究基地 国家体育总局 2003年 3 人口发展战略研究基地 省计生委 2004年 4 差异与和谐社会研究中心 省教育厅 2005年 5 湖南西部经济基地 省社科规划办 2006年 6 湖南省自然与文化遗产研究基地 省教育厅 2008年 7 湖南非物质文化遗产保护研究与人才培养基地 省文化厅 2009年 8 湖南省湘西民族语言研究基地 省委宣传部社科规划办 2010年 9 湖南省中国特色社会主义理论体系研究社科重点基地 省委宣传部理论处 2010年 10 武陵山区扶贫开发研究中心 省教育厅 2012年 11 武陵山片区区域发展研究中心 省科技厅 2012年 12 民族经济研究基地 省民委 2012年 13 民族历史文化研究基地 省民委 2012年 14 武陵山区高等教育研究中心 省教育厅教育科学研究院 2012年 15 民族文化旅游研究重点基地 省民委 2013年 2008年以来，学校承担各级各类科研课题近700项，其中国家自科基金课题50项；承担国家社科基金课题60项，立项数连续多年居全省高校前列，获省部级科技成果奖40项。十一五期间，学校承担各级各类科研课题800余项。2012年获得国家自然科学基金课题24项、国家社会科学基金课题19项，争取国家自科基金经费首次突破千万元。 2014年，该校主持承担的各级科研项目达到414项，其中国家自科基金课题12项，国家社科基金课题37项，省部级课题129项，科研经费达到3340万元。获省级以上科研奖励20 项，，省部级科技成果奖25项，发表学术论文1038篇，发表论文被SCI、EI、ISTP 、CSSCI四大索引收录的达到291篇，出版学术专著53部。
吉首大学2015年度国家自然科学基金项目共有27个项目立项，其中面上项目1项、青年科学基金项目4项、地区科学基金项目22项，平均立项率为28.1%，立项率高于全国平均水平，立项数量创历史新高，同比2014年立项数增加3项。此外，附属医院和图书馆实现了国家自科基金项目的突破。
该校研究开发了美味猕猴桃“米良一号”、杜仲、葛根、椪柑醋、矿产品与金属材料加工等一系列科研成果，其中美味猕猴桃“米良1号”被国务院扶贫办列为扶贫开发项目，在全国16个省（市）推广栽种，仅湘西自治州种植面积就达10万余亩。由学校研制开发的猕猴桃“果王素”被国家科技部等五部委联合授予“科技新产品”称号，猕猴桃研究成果的产业化帮助湘西近30万农民摆脱贫困。区域经济及开发模式研究多项成果被各级政府和企业采纳。
更多科研成果请参考官网 校徽的主题图形为两只展翅飞翔的凤与凰，表现了“凤飞千仞，薪传八方”的吉大精神，以及招才集贤的办学宗旨。标志为圆形向心式旋转构图，外形趋向于中国传统的“太极图”，象征吉大和谐、团结、浑融的整体状态。
