手机上网有剩余流量而扣除上网费可能存在以下原因：
1、剩余流量如果是定向流量，只能用于指定的应用或app，使用第三方应用或软件等情况就会出现产生额外流量费情况；
2、剩余流量有一定的使用范围，如果剩余流量是省内的或是校园小区等情况的，那出省或不在相应的小区范围内使用上网也会产生上网费用；
3、如果剩余的流量有特定的手机上网接入点设置要求，设置不正确的情况下也会出现无法使用到此流量而扣话费的情况。
温馨提示：如非以上原因，可联系相应的运营商客服咨询了解。
扩展资料：
流量查询办法：
1、电话查询：致电相应平台咨询电话，进行人工咨询。如中国电信，拨打10000，中国移动，拨打10086；中国联通拨打10010，转入人工咨询，查询相应流量。
2、短信查询方式：如中国电信，编辑108发送至10001，即可查询流量使用情况；如中国移动，编辑短信CXLL发送至10086就可以查询流量；如中国联通，编辑短信CXLL发送至10010，实时查询流量使用情况。
3、登录平台查询。可以登录相应平台官方网站，选择所属省份进行查询。
参考资料：
原因有以下可能：
1、套餐跨区域使用
虽然目前三大运营商的套餐很多都是全国流量，但是还是有一部分人的套餐是有区域限制的，如果跨省使用那么久需要单独计费。
2、流量套餐时效性
很多人会在套餐用完之后单独购买一些流量包，但是这些流量包很多时候是有失效性的，有效期可能是1天或者其他特定的时间段，即使套餐没有用完，但是超过时间那么还是会另行计费。
3、流量套餐使用超过
流量套餐使用超过总数量，很多人觉得自己套餐几十GB ，完全可以放心使用，但是现在的手机软件流量使用一般都比较大，可能在不经意间就会发生使用超出的情况。
4、流量网络性质
比如使用的手机网络性质，仅限于4G网络下使用，而如果手机终端不支持4G或者4G网络信号没有，覆盖到则不会应用该流量，会出现扣话费可能。
参考资料：人民网-手机流量那些事
本回答被网友采纳2、目前联通扣费已实现透明化，如您对流量使用有疑问，登录中国联通APP后，通过以下两种方式查询您的流量使用详情：
【方式一】点击“服务＞查询＞流量业务查询＞上网流量详单”；
【方式二】点击“服务＞查询＞流量业务查询＞上网记录”。
3、建议开启手机流量监控软件，设置流量使用阈值，即可随时关注您的流量使用情况。
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有些套餐会定期扣话费，可以看下有无附带套餐。
流量办理时会有一定标准，如果月流量使用超出限度，会扣取话费来买流量。
数据连接别长时间开，耗流量很多，花钱就多
可以去营业厅详细咨询
1、 查询账单，看是流量超出扣费，还是流量包月扣费。
2、查看剩余流量是通用流量还是定向流量，定向流量只能在指定范围或时间内上网使用。
3、流量使用顺序有先后，回复“流量使用优先级”查看流量使用顺序。
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