注册公司与合伙不同，如果营业执照是合伙营业执照，应该共同所有，不存在应该给谁，如果是注册公司的，私底下合伙的，营业执照在法律是归法人所有的，具体私底下协商。可以另外注册一个营业执照给另一个人，做出适当补偿。至于怎么协调。区别一是老营业执照有5年资质，牌子老。考虑第二点因素是，新注册一个营业执照也要花不少钱，新开一个诊所也花不少钱。
注册公司与合伙的不同，大致有以下几点：
1、注册公司为法人，有永久延续性。而合伙则不是法人，随合伙人丧亡而解散。
2、注册公司与其成员属不同法律主体，两者权利义务不同。合伙企业与和各合伙人唇齿相依，资产和义务互通。
3、作为法人，注册公司有独立的财产，能独立承担责任；合伙不具有独立的财产，合伙的财产由合伙人共同所有。无限合伙的合伙人互负无限连带责任，有限合伙中的无限合伙人对合伙债务负无限责任。
4、注册公司的行动准则是公司的章程大纲和章程细则，凡接受该大纲和细则的人，可通过持有股份而加入公司，成为公司的成员。但除董事、经理外，公司的成员并无经营权。各合伙人之间是通过合伙合约联接起来的，没有各合伙人的同意，第三人不能加入合伙。各合伙人（除有限合伙中的有限合伙人外）都能代表合伙和其它合伙人经营业务。
5、注册公司成员的变动一般不会影响公司的存续，但无限合伙的成员或有限合伙中的无限合伙人的存亡、变动会导致合伙的解体。
6、注册公司的股东并无保守商业秘密和负竞业禁止的义务，也无绝对信义责任。而合伙人之间则应相互忠诚不欺；
7、注册公司所负责任的债务，只可向该公司追讨，其权利也只可由公司出面执行。合伙企业的各合伙人，可由合伙的债务被债主直接追讨。
8、注册公司的成员或股东，不视为公司的代理人，不可使公司因其行为受束缚。合伙人可随时以合伙企业的名义与外人订约，向外借债。
9、注册公司的商誉属该公司，公司成员不得侵占，也不能擅用。合伙企业的商誉属合伙人共有。合伙人在拆伙后，可各自用原合伙企业名称。
10．注册公司包括一些并非以营利为目的的公司，而合伙则必须以营利为目的。不以营利为目的的数人之间可以形成另外一种非法人团体的联合，但不能组成合伙。
11．注册公司的组织形式，由《公司条例》详为规定，合伙的组织形式则相对灵活，只要不违反法律，可由合伙人以协议决定。
合伙企业，是指自然人、法人和其他组织依照《中华人民共和国合伙企业法》在中国境内设立的，由两个或两个以上的自然人通过订立合伙协议，共同出资经营、共负盈亏、共担风险的企业组织形式 。合伙企业可以由部分合伙人经营，其他合伙人仅出资并共负盈亏，也可以由所有合伙人共同经营。
为了避免经济纠纷，在合伙企业成立时，合伙人应首先订立合伙协议（又叫合伙契约，或叫合伙章程）其性质与公司章程相同，对所有合伙人均有法律效力，一般包括以下内容：
1、合伙企业的名称（或字号）和所在地及地址；
2、合伙人姓名及其家庭地址；
3、合伙企业的经营以及设定的存续期限；
4、合伙企业的设立日期；
5、合伙人的权利和义务；
6、合伙人的投资形式及其计价方法；
7、合伙的退伙和入伙的规定；
8、损益分配的原则和比率；
9、付给合伙人贷款的利息；
10、付给合伙人的工资；
11、每个合伙人可以抽回的资本；
12、合伙人死亡的处理以及继承人权益的确定；
13、合伙企业结账日和利润分配日；
14、合伙企业终止以及合伙财产的分配方法；
15、其他需经全体合伙人同意的事项。
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