秦始皇的政治制度是皇权至高无上的中央集权制。中央是三公诸卿制度：三公——丞相（总领国政）、
太尉（最高军事长官）、御史大夫（监察百官）。地方上是
郡县制度。
①中央机构
中央设丞相、太尉、御史大夫。丞相有左右二员，是百官之首，掌政事。太尉掌军事，不常置。御史大夫是丞相的副贰，掌图籍秘书，监察百官。
丞相、太尉、御史大夫以下，是分掌具体政务的诸卿，其中有掌宫殿掖门户的郎中令，掌宫门卫屯兵的卫尉，掌京畿警卫的中尉，掌刑辟的廷尉，掌谷货的治粟内史，掌山海池泽之税和官府手工业制造以供应皇室的
少府，掌治宫室的将作少府，掌国内民族事务和外事的典客，掌宗庙礼仪的奉常，掌皇室属籍的宗正，掌舆马的太仆等。丞相、太尉、御史大夫与诸卿议论政务，皇帝作裁决。
在此之外，秦代还有一些比较重要的官职，比如博士—“掌通古今”，即通晓古今史以备皇帝咨询，同时负责图书收藏；典属国——与典客一样主管
少数民族事务，不同的是典客掌管与秦友好的少数民族的交往，而典属国则负责已投降秦朝的少数民族；詹事——管理皇后和太子的事务。
秦王朝建立的这套中央集权机构的政权机构，以后一直被历代王朝所仿效。其中汉代的“
三公九卿”，基本上是照搬秦制。
②地方机构
秦始皇灭六国后，采纳
李斯的建议，废除
分封制，改行郡县制。地方行政机构分郡、县两级。郡县主要官吏由中央任免。
郡设守、尉、监(监御史)。郡守掌治其郡。郡尉辅佐郡守，并典兵事。郡监掌监察事宜。秦始皇把全国分成三十六郡，以后又陆续增设至四十一郡。
县，万户以上者设令（县令），万户以下者设长(县长)。县令、县长领有县丞、县尉及其他属员。县令、县长主要管政务，县尉掌握军事，县丞掌管司法。县以下设乡，其主要职能有四：⒈摊派徭役；⒉征收田赋；⒊查证本乡被告案情；⒋参与对国家仓库粮食的保管工作。乡设三老掌教化，啬夫掌诉讼和赋税，游徼掌治安。乡下设里，是最基层的行政单位。里有里典，后代称里正、里魁，以“豪帅”即强有力者为之。里中设置严密的什伍户籍组织，以便支派差役，收纳赋税。并规定互相监督告奸，一人犯罪，邻里连坐。此外还有掌管治安、盗贼的专门机构，叫做亭，亭设亭长。亭除了主要管理治安，还负责接待往来的官吏，掌管为政府输送、采购、传递(文书)等事。两亭之间，相距大约十里。