1.土壤改良
有机肥是一种很好的土壤改良剂。当有机肥被用于农田或退化土壤，可以增加有机质，改土壤结构，减少化学肥料的使用量，并且可以减轻土壤的潜在侵蚀。
2.改善了土地利用
农业有机废弃物的相当部分还在直接或简单处理后土地利用，虽也有肥料价值，并能起善土壤质量的作用。农业废弃物有机肥后使用具有以下优点：①从废弃物中的氮素转变为更加稳定的有机氮，尽管其中也有部分氮素的损失，但剩余的氮素常不容易被淋失和挥发掉；②初始农业废弃物碳氮比偏高或偏低，直接施用到土壤后，会导致壤中氮不足或氮过量，影响作物生长，相反经过堆肥后的有机肥碳氮比趋于合理，更适合于土地用（腐熟有机肥理论上讲应该趋于微生物菌体的碳氮比，即16左右。一般认为C/N从最初的25~30降低到15~20，表示有机肥已经腐熟，达到稳定。PS：微生物每消耗25g有机碳，需要吸收1g氮素）；③有机堆肥过程产生的热量可以减少废弃物中杂草种子的数量，减轻了草害的影响。
3.降低污染风险和臭味抱怨
有机肥堆肥可以减轻这些问题的影响。由于有机肥堆肥产品通常有需求，因此其出路就不再是问题，有机堆肥可以储存和处理的性质允许它可以被运到比粪便或其他原料更远的地方。一个运行良的有机堆肥设施基本不会产生臭气和滋生苍蝇的。
在城市化和农业不断规模化发展的过程中，有机废弃物开始成为一种负担而不是财富。特别对一些农业养殖企业来说，由于没有大面积土地吸纳这些动物粪便，动物数量远远超了土地的承受能力，使得粪便的处理就成了很头疼的问题。
4.有机肥作为养殖垫料替代物
许多研究表明，粉状有机肥可用来替代锯末、秸秆粉等在养殖场作为垫料使用。
从动物福利及养殖环境的改善角度认为，养殖圈舍内应铺设垫料层，一方面有利于吸附动物排泄物，减轻环境污染，另一方面也给动物提供了一舒适的地面环境。
5.有机肥减轻土传病害
已经发现良好的有机肥可以在不使用化学药物控制的情况下减轻植物土传病害。有机肥的这种抑制病害的特点已经被广泛的认识和赞赏。
1、改良土壤、培肥地力有机肥料施入土壤后，有机质能有效地改善土壤理化状况和生物特性，熟化土壤，增强土壤的保肥供肥能力和缓冲能力，为作物的生长创造良好的土壤条件。
2、促进根系发展；提高植物吸收能力，耐干旱，提高免疫力，降低发病率，增加土壤中有益菌数量，降低土壤病害及线虫危害。
3、增加产量、提高品质有机肥料含有丰富的有机物和各种营养元素，为农作物提供营养。有机肥腐解后，为土壤微生物活动提供能量和养料，促进微生物活动，加速有机质分解，产生的活性物质等能促进作物的生长和提高农产品的品质。本回答被网友采纳