芹菜种子小，出苗慢，出苗后生长速度也慢，因此芹菜苗与杂草之间没有竞争力。如果不进行多次人工拔草，芹菜幼苗最终要被杂草“吃”掉。所以育苗成功的关键是能否控制杂草。为了控制杂草，要投入大量人力进行拔草。据统计芹菜苗期管理用工70%是用于拔草。
在芹菜上常用的除草剂有：40%氟乐灵乳剂，40%地乐胺乳油，50%扑草净可湿性粉剂，25%除草醚乳油，33%除草通等。
使用方法：氟乐灵和地乐胺在播前播后、移栽前和移栽后都可使用，每667米2用量40%氟乐灵乳油100～150克或48%地胺乐乳油200克，或25%除草醚500克。
目前在芹菜苗床上使用最为普遍的为25%除草醚，它是一种除草比较广泛的具有触杀作用的醚类除草剂。工业品为黄棕色固体，不溶于水，有特殊气味，在空气中稳定，易被土壤表层吸附，很少向下、向四周扩散，所以在土表的药效期较长，可维持15～20天。除草效果与气温、日光关系很大，气温愈高杀草效果愈好，对人、畜毒性很低。芹菜苗床或定植地于播种前一周或播种浇水后每667米225%可湿性粉剂0.5千克对水40千克喷于地表或拌细土15千克均匀撒施，施药后2天不浇水，7天内不锄地，除草效果达90%以上。
都尔（异丙甲草胺）是通过幼芽幼根吸收向上传导抑制生长。土壤墒情好，杂草被杀死在幼芽期。如果土壤水分差，杂草出土后随着降雨或灌水，土壤湿度增加，杂草吸收药剂也会逐渐中毒死亡。
33%除草通每亩用150毫升，对水100千克，芽前喷雾对芹菜无任何药害。