这是一个很复杂的事情 XD。我试著解释看看，有点罗唆请原谅，如果还很模糊的话请追问～
先要来解决的是『汉字该怎麼读』的问题。今天的普通话/国语其实是明清时代的『官话』（官方用语言）是由黄河以北一代的方言演变而来，而闽南语则与唐代之前的中原话有些渊源，可能要扯到西晋时八姓入闽，把中原话带到福建的历史了。但不管哪种汉语比较古老，从语言学的角度来看，汉语/中文是一种口语与书写系统分开的语言，汉字是图腾式的文字，不管怎麼读代表的意义都相同。所以任何方言要用汉字代表可能都有点差异性在，而且有许多汉字也是淹没在历史的洪流里了，可能古时候方言有相应的汉字，但现代不见得找得到。
关於闽南语的发音的书写方式，台湾教育部是有制订一定的汉字来表示的，但表示不代表用普通话/国语来发音就会正确，因为光是声调闽南语就有八个，用只有四个声调的普通话发音的汉字是绝对没办法的，更遑论一些双子音双母音尾音鼻音气音之类的问题了。例如：国语的『忙』或『没空』在闽南语中读作『mo ying2』，而写法可以是『无闲』『没闲』或『毋闲』。不同地区的闽南语又会有点发音差异，所以当你在看歌词时才会出现很多不同的字来代表一样的词。再加上台湾教育部不能代表整个闽南语系地区（福建，台湾，甚至星马一带），而且这套写法是2000年之後制定给小朋友学母语时用的（台湾人的母语并不都是闽南语），所以现在你看到写歌词的词人们都是各用各的，闽南语人读出来可以懂就好，不是闽南语人就不在他们的考虑范围内了(非闽南语人会来听闽南语歌的毕竟是少数)。
所以，闽南语写成汉字没办法同时顾及到字的意义跟发音的。而闽南语歌词的写法主要是给会说闽南语的人看的，所以不管怎麼写，只要念出来闽南语人大多都会懂，但对不会说的人就比较麻烦了～
追问好吧，大概明白了，谢谢