杨店镇位于东经114°02′～114°10′，北纬30°58′～31°06′之间，处于孝感市东北方向大别山的南麓、孝感市与武汉市接壤的东部边陲。东面濒临黄孝河（界河），与武汉市黄陂区一衣带水；西边紧靠孙家河（产川河），与孝南区西河镇隔河相望；南部紧连京广线，与孝南区三汊镇、祝站镇两镇接壤；北部遥望双峰山，与孝昌县丰山镇、邹岗镇两镇相邻。南北纵长14.8公里，东西横宽12.7公里；国土总面积127平方公里，其中陆地面积3平方公里，水面面积12.15平方公里，镇区总面积5.25平方公里。
杨店镇东南距武汉市60公里，东距黄陂30公里；南距三汊镇、祝站镇镇区10公里，西距孝感市城区25公里；北距孝昌县县城（花园镇）30公里。 杨店镇的地势由北向南倾斜，大面积属于丘陵。境内北部最高点在高岗，海拔62米；南部最低点在魏河，海拔40米。地面系山岗、坡地、平地、河港相延排列。北部山区属大别山共草山的余脉。
杨店镇地处于大别山南麓，江汉平原北部，是山区与平原的过渡地带，属浅丘陵垅岗地形，平均海拔24.5米，属第一纪地层结构，1.5米达到持力层，地面载重150-300kpa。 杨店镇地处中纬度地带，属亚热带季风性气候。境内四季分明。冬季盛行偏北风，夏季盛行偏南风，严寒酷暑时间短，春、秋、初夏气候温和时间长。雨量充沛，年平均降水量1109.7毫米；光热充足，年平均日照时数1996.7小时，年平均气温为16.2℃，≥10℃的积温为2091.9℃，有利于农作物发育、生长，是我国光、热、水条件配合较好的地带。但初夏梅雨期暴雨频繁易发洪涝灾害，盛夏高温蒸发量大，常会出现伏旱。干旱成为全镇主要的自然灾害。
春季（3-5月中旬）气温回升，雨水增加，冷暖多变，常有低温阴雨。入春以后，气温迅速上升，雨量显著增加，故利于春播作物的发育和越冬作物的生长。春季也是冷暖空气交替比较频繁的季节，平均7-10天就有一次冷空气侵袭，形成了3月中旬至4月中旬这段时间的晴雨相间，风向多变，气温骤升骤降的天气，俗称“倒春寒”。
夏季（5月下旬-7月中旬）温度适宜、雨水充沛，梅雨季节多暴雨，洪涝灾害最易发生。盛夏（7月下旬-8月）天气炎热，常有伏旱。入夏后，北方冷空气逐渐减弱，南方的暖湿气流逐渐加强，天气由冷变热，平均气温多在23-28℃之间，适宜作物正常生长。6月中旬—7月中旬是梅雨期，常有大到暴雨或连续暴雨发生，易造成渍涝、洪水灾害。梅雨结束后，进入酷热盛夏期，境内雨量显著减少，相对湿度降低，晴天增多，气温升高。日平均气温多在28℃以上。7月下旬初，约有三分之一的年份可出现10天左右的3—4级偏南风，对中稻杨扬授粉有一定影响。这一时期常出现大于35℃的炎热天气，同时雨水少，蒸发量大，极易发生干旱。但也有少数年份降水偏多或暴雨造成局部渍涝灾害。
秋季（9-11月）晴天多、雨日少，时有秋寒。秋季，北方冷空气势力逐渐增强，乃至控制全境。冷暖空气交锋地带移出本地，阴雨多的天气转为多晴天气。雨量、雨日少，日照时数多，日温差较大。白天气温高，夜间凉爽，被人们称之为的“秋高气爽”的气候。这种天气有利于秋作物后期生长和秋收，而又易发生“秋旱”。但在9月份有的年份也有长时间连阴雨天气出现，使日平均气温濒于0℃以下而发生秋寒的。
冬季（12月-2月）寒冷少雨（雪），冬末有冻害。冬季具有气温低、雨量少的季节特征，各地平均气温多在3度以下，越冬作物基本停止生长，一般年份常有强寒潮侵袭，最低气温可降到零下5度以下并伴有雨雪天气和5级以上偏北风，使作物受冻害，人民生活也受影响。但也有少数年份是比较温暖的“暖冬”。
