喀拉哈里沙漠以其独特的地貌特征闻名，地表主要由平坦的沙原构成，其中小沙原、纵向沙丘和浅水湖（洼地）共同构成了沙漠的主要地形。小山群虽然稀少，但因其直立且高耸，成为地表的显著标志。沙层普遍深厚，红色沙地是由于氧化铁覆盖在沙粒上。西部地区以绵延的沙丘链为特点，这些沙丘长达1.6公里，高度可达60公尺，每两个沙丘之间由当地人称为“街”或“小路”的凹坑分隔开来。
喀拉哈里的水系以干涸的湖泊和洼地为主，没有永久性的地面水系，雨水主要通过短小溪流流入低洼处，形成暂时的水源。北部地区的奥卡万戈河和宽多河在湿润季节会带来额外的水分，但这些水最终流入沼泽地或盐沼，而非海洋。土壤以沙为基础，颜色偏红，有机物含量低，碱性且干燥，对植物生长不利，只有在含盐成分较低或降雨后才可能有植被生长。
沙漠的气候受印度洋潮湿气团影响，北部年降雨量较大，而南部则相对较少。气温变化剧烈，日夜温差大。尽管如此，植物仍然能在沙层下深处找到生存空间，如能触及永久湿润沙层的树木能在沙漠中良好生长。动物种类北部比南部更多，包括长颈鹿、斑马等大型哺乳动物，以及狮子、豹子等食肉动物，其中狮子以其力量和群居性成为绝对的顶级掠食者。
卡拉哈里沙漠（Kalahari Desert ）卡拉哈里沙漠非洲南部内陆干燥区。也称“卡拉哈里盆地”，是非洲中南部的主要地形区。总面积约63万平方公里。