一、专业性质不同
1、自动化专业：是以数学与自动控制理论为主要理论基础，以电子技术、计算机信息技术、传感器与检测技术等为主要技术手段，利用各种自动化装置分析与设计各类控制系统，为人类生产生活服务的一门专业。
2、测控专业：是精密机械、电子、电路、光学、自动控制、计算机与信息技术等多学科互相渗透而形成的一门高新技术密集型综合学科，是我国仪器仪表行业唯一的本科专业。
二、主要课程不同
1、自动化专业：电路、信号与系统、模拟电子技术、数字电子技术、自动控制原理、现代控制理论、微机原理及应用、软件技术基础、电机与拖动、电力电子技术、计算机控制技术、系统仿真、计算机网络、运动控制、过程控制、单片机与嵌入式系统原理等。
2、测控专业：精密仪器设计、智能机械设计、智能仪器设计、电子技术基础、电工学、传感器原理及应用、微机原理及应用、控制工程基础、信号与测试系统、数字化测控技术、测控电路设计、微机电系统。
三、培养目标不同
1、自动化专业：该专业培养德、智、体全面发展，具有扎实的自然科学基础，具有良好的计算机、外语、经济、管理等方面的应用基础；具备电工电子技术、控制理论、自动检测与仪表、信息处理、系统工程、计算机技术与应用等专业知识高素质应用型专门人才。
2、测控专业：该专业培养具备精密仪器设计制造以及测量与控制方面基础知识与应用能力，能在国民经济各部门从事精密仪器与系统的设计制造、精密机械设计制造、工业自动控制领域等方面的高级工程技术人才。
参考资料来源：百度百科-自动化专业
参考资料来源：百度百科-测控技术与仪器专业
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