“天子守国门，君王死社稷”，李自成攻入北京城后，崇祯皇帝没有忍辱偷生，而是在景山歪脖树上自缢而亡，死时光着左脚，右脚穿着一只红鞋，时年仅33岁，死前他留下遗言：朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。”
由于崇祯生前忙于国政，并未为自己修建陵墓，李自成下令将崇祯尸体连同周皇后的尸体一起送往昌平，被草草的安葬到田贵妃的墓中。田贵妃是崇祯皇帝生前最宠爱的妃子，死于两年前，其墓是崇祯皇帝专门为其建造的，规模很大，颇为讲究。
清兵进入关后，多尔衮以安葬皇帝的礼节安葬了崇祯皇帝，并命令所属臣民为其服丧三天，并大张旗鼓地派人到田贵妃墓前隆重祭祀。顺治十六年，清政府又在朱由检的墓前修建了明楼及享殿三间，并立了碑记，圈了围墙，称思陵，成为明十三陵的最后一陵。
对崇祯皇帝的女眷，清朝也十分善待。当时崇祯皇帝活着的女眷有两人，长平公主和袁贵妃。崇祯临死前，把三个儿子送去了宫外，为防止女眷受辱，他命她们自缢，自己还亲手用剑砍死了数名妃嫔。结果周皇后，明熹宗的张皇后都自缢而死，但袁贵妃上吊时，丝带断裂，崇祯发现后，又砍了几剑，却未砍中要害，因此袁贵妃得以幸存。
崇祯又召来15岁的长平公主，也就是金庸小说《碧血剑》中的阿九，《鹿鼎记》中的九难神尼的原型，崇祯流着泪对长平公主说：“汝何故生我家！”说完用左袖遮脸，右手拔出剑来砍中了她的左臂，接着又砍伤她的右肩，长平公主倒在了血泊中，接着崇祯又挥剑刺死了自己年仅六岁的小女儿——昭仁公主。
但是长平公主命大，五天后竟然顽强的活了过来。清军入关后，并没有因为她是崇祯的女儿而为难她，反而很照顾她，拨给她很高的生活费用。清朝厚待她，或许是因为长平公主是女儿身，不会被拥立，也不会对清朝造成什么威胁，留着她，还可以显示新朝的仁义。
但国已破，家亦亡，身又残，长平公主万念俱灰，她上书顺治请求出家：“九死臣妾，跼蹐高天，愿髡缁空王，稍申罔极。”顺治拒绝了她的要求。不久，清廷找到了她的驸马周世显，为他们举行了隆重的婚礼，并赐以大批田地住宅金银车马。这门亲事是崇祯生前定的，当时因为与李自成的战事而耽误了。
但结婚几个月后，清军攻陷了南京，明朝宗室建立的南明政权灭亡了，南明宗室贵族王公们都在顺治三年五月被处死，长平公主最后的希望破灭。同年8月，长平公主因病去世，此时，她还不满十八岁，结婚才刚刚一年，死时尚有五个月的身孕，死后被清政府厚葬于广宁门外。
同样崇祯皇帝的遗孀袁贵妃，也受到清廷的厚待，但她终因伤势过重、又伤心国破家亡，不久便去世去了。《清史稿》记载袁贵妃于1644年当年去世，并于同年五月己酉日下葬，但葬地未详，而明末《北游录》等书记录她于1654年逝世，葬于金山。
但是，清政府对崇祯的儿子就没那么友好了。在厚待崇祯女眷的同时，清政府公开悬赏寻找崇祯的男性后代，说“有以真太子来告者，太子必加恩养，其来告之人亦给优赏”，后来康熙皇帝也表示过：“朕意欲访察明代后裔，受以职衔，裨其世受祀事。”但是当真的来了，却是另一种政策。
太子朱慈烺，从李自成手中逃离后，后来又回到了北京，投奔外祖父周奎，却被周奎交给了清政府。清政府觉得留着他对清朝是一个威胁，因为他活着忠于明朝的义士就会对复明心怀希望，于是清朝以冒充太子之罪，光明正大的将其杀死。
杀死太子前，清朝曾发动有关人员对太子进行辨认，先是让外祖父周奎指认，周奎一口咬定太子是假冒的，原先侍奉太子的太监有几个指认是真的，却被处死，十几个大臣也因此被杀，最后终于没有人再敢说真话了，连曾经是太子老师的原内阁大学士谢升也指认是假的。
皇三子定王朱慈灿，一直下落不明。康熙十九年三藩之乱快要平息时，征剿吴三桂的清安亲王岳乐抓获了一个还俗的和尚，其气度不凡，自称叫朱慈灿，但康熙却说：“彼时朱慈灿年甚小，必不能逸出，今安得尚存？大约是假。”结果又被以冒充者的身份杀死。
崇祯最小儿子的皇四子永王朱慈焕，他几经波折最后流落到浙江余姚，与一位前朝官员的女儿结婚，并改名换姓依靠教书为生，到了康熙四十七年，他已经75岁了，并有一妻一妾六子三女一孙。他虽然对自己身世守口如瓶，但作为明朝皇室嫡系，生活中免不了露出点蛛丝马迹，为当地人所注意。
于是有人打着他的旗号起义，结果朱慈灿全家被捕。朱慈灿并没有参与造反，可是，他承认了自己是前明皇子，最后以“崇祯第四子已于崇祯十四年身故，且当年老太监俱不认识”为由，确认假冒，凌迟处死，全家无一幸免。