济源市体育局按照其职能设立了三个主要内设机构，以确保体育工作的高效运行。
首先，办公室负责全局的政策制定和规划实施，包括体育发展规划的监督。它还负责协调机关内部事务，处理文电、会务、保密等工作，以及法制宣传、行政复议和外事事务。在组织与宣传方面，办公室承担体育文化建设及新闻发布职责。此外，还负责人事和机构编制管理，以及体育产业政策的拟定，推动体育市场的规范与发展。
其次，群众体育科主要负责群众体育的规划与推广，推动全民健身计划的实施，指导全市性的体育活动，包括国民体质监测和体育锻炼标准的实施。此外，该科还负责武术学校的审批工作。
最后，竞赛训练科的核心任务是竞技体育的规划和管理，包括青少年体育工作和体育竞赛的组织。该科负责审核和审批市级体育竞赛，确保公平竞赛和反兴奋剂工作。同时，它还指导青少年体育发展，协调运动队的建设与训练，并负责省运会和重大赛事的备战与参赛工作。