上犹县水务局下属的事业机构主要包括：
1. 水利工程管理站（与农田基本建设指挥部办公室合署办公）：负责县农田基本建设指挥部的日常事务，对全县水利工程建设进行行业管理。主要任务包括组织重要水利水电工程的建设和验收，进行水利工程管理范围和保护范围的确权划界，指导除险加固、灌区改造和配套建设工作。同时，负责水利工程水费的核订、计收和管理，以及水利经济开发、综合经营和体制改革的指导。
2. 水电勘测设计室和水利技术推广站：负责全县水利工程的勘测设计，特别是小水电工程的普查和初步勘测。他们还参与江河综合治理与开发的规划，指导乡镇供水和农村人畜饮水，制定水利技术发展规划和组织推广工作，以及水利学会的日常工作和对外技术交流。
3. 机电管理站和质量监督站：主要负责小水电站和机电排灌站的建设指导，规范水利行业的质量管理、招投标活动，监督执行水利建设规章制度和规程规范。同时，他们还负责水利工程的监测、安全鉴定管理和技术质量标准的监督实施。
4. 防汛抗旱办公室（与县防汛抗旱指挥部合署办公）：承担县防汛抗旱指挥部的日常工作，负责全县江河水库的运行指挥调度，编制并审定小（二）型以上水库的渡汛运行调度方案。他们负责防汛物资和资金的计划编报，监控雨情、灾情和险情，以及组织协调水利抢险工作。