南京好的设计院有：
1. 南京市建筑设计研究院
2. 东南大学建筑设计研究院
3. 南京林业大学建筑设计研究院
以下是详细解释：
南京市建筑设计研究院是南京地区历史悠久、实力雄厚的设计机构之一，涉及建筑、规划、市政等多个领域的工程设计。该院拥有众多经验丰富的设计师和专家团队，致力于提供高品质的设计服务，曾多次荣获国内外设计大奖。
东南大学建筑设计研究院在学术研究和创新设计方面表现突出。依托东南大学的学术背景，该院汇聚了一批高水平的设计师和学者，尤其在建筑设计和城市规划方面有着深厚的造诣。其设计作品既注重创新，又兼顾实用性和审美性。
南京林业大学建筑设计研究院在建筑、景观和规划等方面有着卓越的表现。该院注重将自然环境与建筑设计相结合，创造出许多富有特色的作品。同时，该院还积极参与各类设计竞赛，不断拓宽设计视野，提升设计水平。
以上设计院都是南京地区设计实力较强、口碑较好的机构，根据不同的设计需求，可以选择合适的设计院进行合作。