二者的区别存在于案件来源、犯罪性质和危害程度、审查程序、诉讼权利、诉讼地位、行使诉讼权利的时间、举证责任等方面。
【法律分析】
公诉案件和自诉案件虽然都是刑事案件，但二者之间是有严格区别的：(一)案件来源不同：公诉案件是由相关机构提起的;而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者其法定代理人、监护人、近亲属提起的。(二)犯罪性质和危害程度不同：公诉案件中犯罪行为的性质比较严重，而自诉案件的性质多数不甚严重；(三)审查程序不同。(四)当事人的诉讼权利不完全相同。(五)当事人的诉讼地位不同。(六)当事人行使诉讼权利的时间不同。(七)举证责任不同。(八)刑罚处罚的轻重不同。(九)案件的可分性特点不同。(十)审理期限的要求不同。
【法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十九条 刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。自诉案件，由人民法院直接受理。
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