个税清算方法如下：
1、纳税年度综合所得年收入额不足6万元，但平时预缴过个人所得税的；
2、纳税年度有符合享受条件的专项附加扣除，但 预缴税款时没有申报扣除的；
3、因年中就业、退职或者部分月份没有收入等原因 ，减除费用6万元、“三险一金”等专项扣除、子女教育等专项附加扣除、企业职业年金以及商业健康保险、税收递延型养老保险等扣除不充分的；
4、没有任职受雇单位， 仅取得劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得，需要通过年度汇算办理各种税前扣除的；
5、纳税人取得劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得，年度中间适用的预扣预缴率高于全年综合所得年适用税率的 ；
6、预缴税款时，未申报享受或者未足额享受综合所得税收优惠的 ，如残疾人减征个人所得税优惠等；
7、有符合条件的公益慈善事业捐赠支出 ，但预缴税款时未办理扣除的，等等。
个人所得税补税操作流程如下：
1、补交个人所得税需要提供以下基本资料：
（1）需补缴人姓名；
（2）需补缴人身份证号码；
（3）需补缴人月工资金额；
（4）需补缴人要补缴的月份；
（5）需补缴人地址及邮编；
2、做好补交个人所得税的申报报表；
3、将申报报表提交到税务局，由税务局出具通用缴款书；
4、最后到银行去进行缴税，缴完税3-5天即可出具完税证明。
个人所得税退税方法：
1、申请人自行申请退税：一般可以通过税务局网站、或者个人所得税手机APP、邮寄申办、或者直接前往办税服务大厅等方式进行办理年度汇算，并结清应退税款；
2、可以委托公司代缴个税人员协助办理退税，纳税人可向任职所在公司提供上个纳税年度在本公司之外的综合所得收入、相关扣除信息、以及享受税收优惠等信息资料，委托公司负责代缴个税的工作人员协助进行纳税申报并办理退税；
3、纳税人可委托涉税专业服务单位或者个人代为退税。
综上所述，根据个人所得税法的有关规定，工薪阶层个人每月所缴纳的住房公积金是从税前扣除的，也就是说按标准缴纳的住房公积金是不用纳税的。在两个以上单位任职受雇并领取工资薪金，预缴税款时重复扣除了基本减除费用。除工资薪金外，纳税人还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得，各项综合所得的收入加总后，导致适用综合所得年税率高于预扣率等。
【法律依据】：
《中华人民共和国税收征收管理法》第二十八条
税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
第二十九条
除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外，任何单位和个人不得进行税款征收活动。
第三十条
扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。对法律、行政法规没有规定负有代扣、代收税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。扣缴义务人依法履行代扣、代收税款义务时，纳税人不得拒绝。纳税人拒绝的，扣缴义务人应当及时报告税务机关处理。税务机关按照规定付给扣缴义务人代扣、代收手续费。
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