中华人民共和国海关对于来往香港、澳门的小型船舶及其装载货物、物品的管理，具体规定在第二章备案管理中。
第七条，小型船舶在申请备案时，需向海关提交以下文件：首先，填写并提交《来往港澳小型船舶登记备案申请表》（附件1）；其次，提供交通主管部门的批准文件复印件；接着，提供由中国船级社或海事主管部门出具的船舶检验证书复印件，以及船舶营业运输证和国籍证书的复印件。此外，还需提供船舶船体结构图，以及船舶正面和侧面的彩色照片，每种各三份。注意，提交的(二)至(五)项文件还需提供原件以供海关核对。
第八条，海关在审核并通过备案后，将在收到相关文件后的5个工作日内签发《来往香港澳门小型船舶登记备案证书》（附件2）和《来往香港、澳门小型船舶进出境(港)海关监管簿》（附件3）。如果海关决定不予备案，将在3个工作日内出具《来往港澳小型船舶不予备案通知书》（附件4）。
第九条，海关对小型船舶实行年审制度。运输企业需在规定时间内向备案海关提交《来往港澳小型船舶年审报告书》（附件5）、《备案证书》和《海关监管簿》，以完成年审手续。未进行年审或年审不合格的船舶，不得继续进行进出境运输业务。
第十条，如果在海关备案的小型船舶的名称、船体结构、航线、法定代表人、地址或企业性质等信息发生变更，运输企业必须携带书面申请和相关批准文件，到备案海关办理变更手续。
中华人民共和国海关关于来往香港、澳门