集中采购机构的监督考核工作由财政部门负责组织，第十四条指出，考核工作通常由专门的考核小组进行，这个小组可能包括纪检监察和审计部门的成员，同时，采购人和供应商的意见也会被邀请作为参考。
考核工作具有明确的计划和方案，第十五条规定，财政部门需提前15天以文件形式通知集中采购机构，量化考核的项目会有明确的考核标准和打分方法。
在考核过程中，第十六条强调了反馈机制，财政部门会向采购人和供应商征询对集中采购机构的评价，以这些反馈作为考核的重要依据。
第十七条提到，接到考核通知后，集中采购机构需在一周内自我检查，形成自查报告，并准备好相关文件、数据和资料，以供考核小组审查。
在面对考核意见分歧时，第十八条规定，集中采购机构应与考核小组进行协商，协商不成时，意见应书面上报财政部门，财政部门会依据规定进行处理或答复。
最后，第十九条强调了改进机制，财政部门根据考核结果提出改进建议，集中采购机构需严格依照这些建议进行整改，以提升服务质量。
2003年11月17日，财政部、监察部以财库〔2003〕120号印发《集中采购机构监督考核管理办法》。该《办法》分总则、考核内容、考核要求、考核方法、考核结果及责任、附则6章33条，自发布之日起实施。