微信商城跟小程序商城的区别如下：
1、运行方式
微商城只能基于微信公众号运行，脱离公众号就不复存在。而微信小程序是一个独立运行的程序，可以脱落公众号单独运行。
2、流量入口
微商城的流量入口主要是公众号菜单栏、朋友圈、微信群等。而小程序的流量入口显得更胜一筹，除了以上能够与公众号对接，将公众号作为流量入口外，还拥有附近小程序、搜一搜、朋友分享、群分享等众多入口。
3、运营方式
微商城的宣传、推广，首先要利用公众号发布软文，吸引粉丝关注，然后再将粉丝导流到商城。而小程序的宣传、推广方式运营方式非常简单，借助附近的小程序、搜索等功能，就可以直接触达用户。
4、体验方式
微信小程序具有近乎原生态APP的体验，并且结合无需安装下载、用完即走的特性，让用户拥有更好的体验。而微商城稳定性和流畅性虽然比不上原生态APP，但是粉丝可在第一时间知晓商家最新的动态和资讯。