细菌从生物“适者生存”的本能出发，迅速通过基因变化，产生抗药性，并遗传给迅速不断大量繁殖的后代。例如，面对青霉素对自己的杀灭，许多细菌都会产生出一种叫β-内酰胺酶的物质来对抗。这种酶能破坏抗生素的化学结构，使其失效；并将其遗传给24小时内繁殖的1 677 720个惊人数量的后代，从而使更多的细菌对抗生素产生抗药性。我们经常听到这样的病例，多次使用某一抗生素的病人，当初用药时一用就灵，后来就收效甚微了，其原因就在这里。
据美国亚拉巴马州立大学教授、美国微生物学会前任主席盖尔·卡斯尔统计，在美国，90％以上的葡萄球菌株，对青霉素及相关抗生素都产生了抗药性。而葡萄球菌是肺炎、脑膜炎、败血症、儿童耳部感染等疾病的元凶。
1998年初，世界卫生组织对35个国家的5万名结核病患者调查表明，结核杆菌的抗药性已遍布全球。在青霉素攻击下已“灰飞烟灭”的肺结核病，近年又已死灰复燃。例如，在2000年3月29日，中央电视台1套节目，就在“晚间新闻”中，报道了一种新的抗药性肺结核病在西方蔓延的消息。
在2004年10月2日，香港《东方日报》刊登了中国台湾独有的一种超级细菌(ODRAB)，“攻陷”了中国台湾从南到北的医学中心，几乎无药可治的消息。原因也是滥用抗生素。
在2005年底，中国卫生部的一项调查报告指出，滥用抗生素已经产生出许多种耐药的“超级细菌”。
这类“超级细菌”的实例，是一种由已有菌种因“基因变异”产生的新菌种——“超级肺结核杆菌”。《华盛顿邮报》在2007年5月初报道，产生这种变异的主要原因是滥用抗生素，而它对绝大多数抗生素都具有抗药性，已经在全球37个国家传播。美国疾病控制中心发表的统计数字表明，它引起的人患肺炎的死亡率高达50％!
《美国医学会杂志》周刊在2007年10月16日报道，一种被称为“超级病菌”的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)正肆虐美国，每年让9万多人感染。第一次发现MRSA是在1961年。目前，证实对它有效的抗生素，只有万古霉素。MRSA破坏肌肉、感染血管，所引起的疾病的死亡率，已经超过艾滋病，位居世界三大最难治愈的传染病之首。
有人说，科学家们针对这种酶发明一种威力更大的、能破坏这种酶的又一种抗生素不就解决问题了么!科学家们的确也生产出这种酶的抑制剂，但不幸的是细菌又产生出一种对它耐药的基因。
不但如此，更使人惊叹的是，一些细菌还把杀灭它们的抗生素当做食物，使人束手无策。例如，英国圣乔治医院在1996年2月，分别对64岁和60岁的两位男性病人手术后注射了防止感染的万古霉素。后来，医生在做术后疗效检查时惊奇地发现，二病人体内出现了一种不但不能用万古霉素杀灭，反而可以吃掉万古霉素的超级细菌。经微生物学家研究，证明这是一种因滥用万古霉素之后由普通肠道球菌产生的变种。更使人奇怪的是，当停用万古霉素之后，这种细菌会因缺乏食物——万古霉素而饿死!
抗药性的产生有时会使医生或病人困惑无奈。例如，在2000年3月8日，中央电视台1套节目的“晚间新闻”，报道了北京住院病人孙美艳在三八国际妇女节50周年献爱心的事迹。这一天，她的哥哥替她办好了向社会捐赠眼角膜的合法手续。而她，则是在历经十多年淋巴瘤治疗，对所有抗生素都产生抗药性之后，认为治疗无望才做出这一善举的。
不过，人们有时也燃起一点希望。在20世纪80年代，医学家发明了氧氟沙星和氯氟沙星，有人就说这不大可能产生抗药性了，因为它们是人工合成而不是从天然物质中提取的——细菌并不“认识”。但无情的事实是，它们不久就产生了抗药性!
这真是一个怪圈。要杀灭细菌，就必须用抗生素；而滥用的结果，却使这些小家伙产生抵御的本领。于是再寻利剑，但同样“教会”它们抵抗的“方法”和“提供”抵抗的“武器”或“食物”。看来，人类用抗生素杀灭病菌治病的过程，好似一场你来我往、胜负难测的拉锯战。悲观的医学家们甚至认为，人类很有可能会回到那“没有抗生素的黑暗年代”。